หน่วยงานตรวจสอบภายใน มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ก่อตั้งขึ้นในปีพ.ศ.๒๕๒๔ ซึ่งเป็นไปตามมติ ครม. เมื่อวันที่ ๑๗ สิงหาคม พ.ศ.๒๕๑๙ ที่ให้ส่วนราชการที่เป็นกระทรวง ทบวง กรม และส่วนราชการที่เทียบเท่ารวมถึงจังหวัดทุกจังหวัด มีตำแหน่งอัตรากำลังเพื่อทำหน้าที่เป็นผู้ตรวจสอบภายในโดยเฉพาะ และให้ผู้ตรวจสอบภายในขึ้นตรงต่อหัวหน้าส่วนราชการ โดยในระยะแรกมีชื่อเรียกว่าหน่วยตรวจสอบภายใน ทำหน้าที่ตรวจสอบทางบัญชีเพียงอย่างเดียว ต่อมางานตรวจสอบภายในมีบทบาทหน้าที่ครอบคลุมถึงการตรวจสอบ วิเคราะห์ และการประเมินความเพียงพอและประสิทธิผลของระบบการควบคุมภายใน และการบริหารความเสี่ยงของส่วนราชการโดยมุ่งเน้นการให้ความเชื่อมั่นและให้คำปรึกษาแนะนำ จึงมีภาระงานหลายด้าน อาทิ ประเมินความมีประสิทธิภาพ ประสิทธิผลของการดำเนินงาน สอบทานการปฏิบัติตามกฎระเบียบ สอบทานความถูกต้องและเชื่อถือได้ของข้อมูล เป็นต้น  ดังนั้นเพื่อให้การดำเนินงานตรวจสอบภายในของมหาวิทยาลัยฯ เป็นไปตามบทบาทหน้าที่ดังกล่าว สภามหาวิทยาลัยฯ จึงยกระดับหน่วยงานเป็นสำนักงานตรวจสอบภายใน โดยให้มีฐานะเทียบเท่ากองและขึ้นตรงต่ออธิการบดีตามประกาศมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ลงวันที่ ๒๘ ธันวาคม พ.ศ.๒๕๔๙ ทั้งนี้สำนักงานตั้งอยู่ที่ ชั้น ๘ อาคารสารนิเทศ ๕๐ ปี

            เมื่อครั้งปีงบประมาณ พ.ศ.๒๕๕๐ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์มีคำสั่งแต่งตั้งบุคลากรในแต่ละหน่วยงานๆ ละ ๓ ท่าน เป็นผู้ตรวจสอบภายในของหน่วยงานระดับ คณะ สถาบัน สำนัก ขึ้น เพื่อทำหน้าที่ตรวจสอบการปฏิบัติงานด้านการเงิน บัญชี พัสดุ สารสนเทศ และด้านอื่นๆ อย่างน้อยปีละ ๑ ครั้ง โดยให้รายงานผลการตรวจสอบเบื้องต้น เสนอผู้บริหารของแต่ละหน่วยงานปรับปรุงแก้ไขตามประเด็นข้อตรวจพบต่างๆ ได้ทันเวลา ส่งผลให้หน่วยงานบรรลุเป้าหมายมากขึ้น

            ต่อมาในปีงบประมาณ พ.ศ.๒๕๕๕ มหาวิทยาลัยฯ ได้มีนโยบายให้มีการพัฒนา ปรับปรุงระบบ การตรวจสอบในหน่วยงาน โดยเปลี่ยนจากผู้ตรวจสอบภายในมาเป็นคณะกรรมการตรวจสอบภายในประจำหน่วยงานระดับ คณะ สถาบัน สำนัก โดยกำหนด องค์ประกอบ คุณสมบัติ วาระการดำรงตำแหน่งและการพ้นจากตำแหน่ง หน้าที่ความรับผิดชอบ การรายงานผล การดำเนินงาน และค่าตอบแทน ให้มีความชัดเจน คล่องตัว และมีความเป็นอิสระมากยิ่งขึ้น ทั้งนี้เพื่อให้ระบบการตรวจสอบภายในนั้น มีประสิทธิภาพ ประสิทธิผล เป็นประโยชน์ และสร้างมูลค่าเพิ่มให้หน่วยงานและมหาวิทยาลัยได้อย่างสูงสุด โดยมหาวิทยาลัยฯ ได้มอบหมายให้สำนักงานตรวจสอบภายในเป็นผู้อบรมพัฒนาและถ่ายทอด องค์ความรู้ด้านการตรวจสอบภายในตามมาตรฐานสากล ให้แก่ ผู้ตรวจสอบภายในของหน่วยงานระดับ คณะ สถาบัน สำนัก อย่างต่อเนื่องเป็นประจำทุกปี เพื่อให้สามารถปฏิบัติงานตรวจสอบได้อย่างมืออำชีพ รวมทั้งสำนักงานฯ ได้มีส่วนร่วมใน การเข้าตรวจสอบ โดยทำหน้าที่เป็นพี่เลี้ยงให้คำปรึกษาแนะนำแก่ผู้บริหารและผู้ที่เกี่ยวข้องเพื่อความเข้าใจที่ถูกต้องตรงกัน
ปัจจุบันมีการคณะกรรมการตรวจสอบภายในประจำหน่วยงานระดับคณะ สถาบัน สำนัก รวมทั้งสิ้น จำนวน ๑๓๒ คน จาก ๔๒ หน่วยงำน ซึ่งนับได้ว่าเป็นกำลังเครือข่ายสำคัญของสำนักงานตรวจสอบภายใน ที่จะช่วยเพิ่มควำมเชื่อมั่นของข้อมูลทางการเงินให้แก่ผู้บริหารได้ใช้ในการวางแผนพัฒนา และเพิ่มคุณค่าให้แก่มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์

วิสัยทัศน์ (Vision)
เป็นผู้นำด้านงานตรวจสอบภายในที่ได้มาตรฐานสากล คงไว้ซึ่งความเป็นเลิศอย่างยั่งยืน

พันธกิจ (Mission)

๑. งานบริการให้ความเชื่อมั่น (Assurance Services) เป็นการตรวจสอบหลักฐานอย่าง
    เที่ยงธรรมเพื่อให้ได้มาซึ่งกำรประเมินอย่างเป็นอิสระ ในกระบวนกำรบริหารความเสี่ยง
    การควบคุมและการกำกับดูแลขององค์กร เช่น การให้ความเชื่อมั่นทำด้านการเงิน
    การปฏิบัติงาน การปฏิบัติตามกฎ ระเบียบ ความมั่นคงปลอดภัยของระบบต่างๆ
๒. งานบริการให้คาปรึกษา (Consulting Services) เป็นการบริการให้คำปรึกษาแนะนำและ
    บริการอื่นๆ ที่เกี่ยวข้องแก่ผู้รับบริการ โดยลักษณะและขอบเขตของงานจะเป็นไปตามความ
    ต้องการของผู้รับบริการ และมีจุดประสงค์เพื่อเพิ่มคุณค่าและปรับปรุงกระบวนการกำกับดูแล
    การบริหารความเสี่ยง และการควบคุมของมหาวิทยาลัยให้ดีขึ้น

วัตถุประสงค์ ( Objective )

๑. เพื่อส่งเสริมให้เกิดกระบวนการกำกับดูแล การบริหารความเสี่ยงและการควบคุมภายใน
    ของมหาวิทยาลัย
๒. เพื่อส่งเสริมให้การปฏิบัติงานของมหาวิทยาลัยมีประสิทธิภาพและประสิทธิผล
๓. เพื่อส่งเสริมให้การบริหารทรัพยากรของมหาวิทยาลัยเป็นไปอย่างคุ้มค่าและก่อให้เกิด              ประโยชน์สูงสุดแก่ส่วนรวม
๔. เพื่อเสริมสร้างมูลค่าเพิ่มให้กับมหาวิทยาลัย