El primer instituto de Álava de únicamente modelo D empezó su andadura en el curso 1.988/89 como fruto de la reivindicación de un grupo de personas amantes de la lengua vasca que reclamaban que los estudios de la etapa secundaria pudiesen realizarse en la escuela pública en euskara.
En un primer momento se ubicó en un centro del barrio de Zaramaga que estaba quedándose sin alumnado y se le dio un nuevo nombre. El año anterior había fallecido el filólogo Koldo Mitxelena, que junto con Txillardegi fue pieza clave para el nacimiento del euskara batúa, y el centro tomó su nombre como homenaje.
En aquel primer curso solamente había 69 alumnos y alumnas y 7 profesores y profesoras en el centro, pero desde entonces ha seguido creciendo de forma constante. Hoy en día el alumnado de Koldo Mitxelena, alrededor de 700, se haya dividido en dos edificios. Desde el curso 1.988-1.989 nuestra Comunidad Educativa (alumnado, familias, profesorado y trabajadores y trabajadoras) ha aumentado de forma notable, y el amor al euskera que posibilitó el nacimiento del Instituto Koldo Mitxelena se ha afianzado y hecho más fuerte. “El euskara de boca en boca” fue nuestro lema en un principio y a día de hoy lo sigue siendo.
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