En cumplimiento al Decreto por el que se reforman y derogan diversas disposiciones de la Ley de Ciencia y Tecnología publicado en el Diario Oficial de la Federación el 06 de noviembre de 2020, en diciembre de 2020 se inició el proceso para la extinción del Fideicomiso.
En la Primera Sesión Ordinaria de 2021 de Asamblea de Asociados de El Colegio de la Frontera Norte llevada a cabo el 17 de mayo de 2021, se aprobó la extinción del Fideicomiso mediante acuerdo AR. AA-O-I-21-8
El 16 de junio 2021 se transfirieron los fondos del Fideicomiso a la cuenta de El Colef, dándose por extinguido el Fideicomiso de Investigación El Colegio de la Frontera Norte.