Музей заснований у 1968 р. Розпочинав свою роботу з невеликої  експозиції, присвяченої  25-річчю діяльності Чернівецького державного медичного інституту. Музей був розміщений у малій конференцзалі корпусу на Театральній площі, 2. У 1987 р. музей поновив роботу уже як штатний підрозділ медінституту і працював під керівництвом доцента кафедри анатомії Г.Г. Фішера до 1992 р.

У 1993 р. на посаду директора музею призначено асистента кафедри соціальної медицини і організації охорони здоров’я В.І. Білоуса. У 1994 р. музей взятий на облік в Управлінні культури Чернівецької ОДА. Восени 2004 р. музей переведено у приміщення цокольного поверху будівлі університетського палацу «Академічний».

Музей має п’ять експозиційних залів (320 кв. м) і допоміжні приміщення, комп’ютер, аудіо і відео техніку. Щорічно музей відвідують понад 5000 осіб (гості, студенти, учні гімназій та шкіл міста і області тощо).

Основний фонд музейної колекції складають 1560 оригінальних пам’яток (скульптурних, речових, письмових, кіно, відео, фото, фоно і натуральних предметів, муляжів, репродукцій тощо) з історії БДМУ.

Вісім основних розділів постійно діючої експозиції висвітлюють: 1) київський період діяльності навчального закладу в статусі Другого Київського державного медичного інституту (1931-1944); 2) буковинський період діяльності навчального закладу; 3) життя та діяльність видатних науковців університету, а також відомих у світі його вихованців; 4) історію медсестринства та милосердя в Україні й на Буковині; 5) історію Чернівецького, Новоселицького, Вашківецького, Ковельського медичних коледжів; 6) документи і предмети з історії медицини України та Буковини; 7) науково-дослідницьку діяльність співробітників і студентів університету та його наукові зв’язки із зарубіжжям; 8) спорт, художню самодіяльність, побут, дозвілля студентів та професорсько-викладацького персоналу.

Всі експозиції є цікавими та повчальними. Особливої уваги заслуговують експозиції: про Київський період його діяльності; про широковідому «Чернівецьку хімічну хворобу»; про вихованців БДМУ – Героя України, лауреата Державної премії України, композитора й поета, автора чарівної «Червоної рути» Володимира Івасюка; лауреата Державної премії України поета Михайла Ткача; лауреата Золотої медалі ЮНЕСКО і звання «Золоте ім’я світової культури» Йосипа Ельгісера; заслуженого лікаря і головного терапевта Естонії, професора Н.В. Ельштейна; Надзвичайного і Поважного Посла України в Індії професора Г.І. Ходоровського; Надзвичайного і Повноважного Посла України в Румунії професора Л.І. Сандуляка; міністрів охорони здоров’я України В.Д. Братуся (1954-1956, 1968-1975) та Ю.П. Спіженка (1989-1994).

У музеї спільно з бібліотекою та відповідними кафедрами університету демонструються відвідувачам тематичні та ювілейні виставки, присвячені видатним подіям і знаменитим науковцям. Музей є місцем проведення занять з історії медицини, фармації і медсестринства.

При музеї працює науково-дослідний гурток, в якому дослідницькою роботою займаються студенти університету і його коледжів, учні медичного ліцею, гімназій і шкіл міста.