A primeira referência a esta Unidade aparece em 1642. Designava-se então como Terço Velho de Entre Douro e Minho, tendo sido criado logo após a Restauração, quando houve a premente necessidade de dotar o Reino com as forças militares necessárias para defender a sua Independência. Tomou parte em diversas ações da Guerra da Restauração, mormente nos sítios a Monção. Finda esta guerra e nas várias reorganizações militares que se lhe seguiram, em 24 de Novembro de 1707, foi transformado em Regimento de Infantaria de Monção que, em 1762, deu origem aos 1º e 2º Regimentos daquela Vila. Em 10 de Maio de 1793 retorna à sua anterior designação de Regimento de Infantaria de Monção e, mais tarde, no ano de 1792, foi transferido para Viana da Foz de Lima (Viana do Castelo), passando então a designar-se por Regimento de Infantaria de Viana. Em vésperas da 1ª Invasão Francesa, esta Unidade tomou a designação de Regimento de Infantaria Nº 9 pela reorganização de 6 de Maio de 1806, então acontecida, pela qual se numeraram todos os corpos militares existentes no Reino.

Após a sua participação nas Guerras Peninsular e Civil, esteve transitoriamente em Guimarães, Braga e Bragança, sendo em Agosto de 1839 transferido definitivamente para Lamego. Em 6 de Setembro desse ano, entrou na cidade e ficou aquartelado no Convento de Santa Cruz que pertencera aos Cónegos Seculares de S. João Evangelista.

Como factos relevantes da sua ação, salientam-se a Batalha do Buçaco, o 3º Sítio de Badajoz e a Batalha da Vitória. Por este último feito de armas, passou a usar a legenda «E JULGAREIS QUAL É MAIS EXCELENTE, SE SER DO MUNDO REI, SE DE TAL GENTE», acrescida mais tarde com as palavras BUÇACO 1810, BADAJOZ 1812, VITÓRIA 1813, por ordem de Sua Alteza Real o Príncipe Regente, futuro Rei D. João VI. Participou em muitos combates durante a Guerra Civil em que cobriu de glória e, mais tarde, noutros conflitos em que a Nação se viu envolvida, entre os quais se salienta a Divisão Auxiliar à Espanha e a 1ª Grande Guerra, nos campos de Flandres .

O Centro de Instrução de Operações Especiais (CIOE), herdeiro das tradições históricas do regimento de infantaria nº9 (1839) foi criado a 16 de abril de 1960 (DL 42926) para garantir a formação de unidades vocacionadas para a contraguerrilha, operações psicológicas e montanhismo.

Iniciando a formação através de cursos e estágios de caçadores especiais e estágios de contrainsurreição, foi ministrada instrução de contrassubversão, contraguerrilha, operações de emboscada, golpe de mão, cerco e limpeza, ação psicológica e assuntos civis.

Antes dos primeiros atos de sublevação em angola, são mobilizadas no BC 5 as primeiras unidades de caçadores especiais (ccaçesp 60, 61 e 62) que terminam a instrução no CIOE e embarcam a 10jun60 para o teatro de operações de angola. Os cursos de operações especiais iniciaram-se em 1963 para garantir a formação de subunidades nas áreas da contrassubversão e contraguerrilha, garantindo-se simultaneamente a elaboração de doutrina e a atualização das técnicas nestas áreas. Foi o RI 9 extinto em 1960 e, em sua substituição, foi criado em 16 de Abril do mesmo ano, pelo Decreto-lei 42926, o centro de instrução de operações especiais, para garantir a formação de unidades vocacionadas para a contraguerrilha, operações psicológicas e montanhismo. Do velho Regimento, herdou todas as suas tradições e património histórico-militar, bem como as instalações tendo os seus militares transitado para este Centro de Instrução.

Dotado de oficiais qualificados nas mais importantes escolas estrangeiras desta especialidade, ao CIOE, foi cometida a missão de instruir os quadros do Exército nas várias modalidades de «operações especiais», realizar estágios de subunidades, tendo em vista aperfeiçoar a sua atuação numa ou mais modalidades destas operações; e levar a efeito estudos que, de qualquer modo, contribuíssem para melhorar a eficiência das Forças Armadas, no que diz respeito à sua atuação em «operações especiais», designadamente nas de maior interesse para a defesa do território nacional. Iniciando a formação através de cursos e estágios de caçadores especiais e estágios de contrainsurreição, foi ministrada instrução de contrassubversão, contraguerrilha, operações de emboscada, golpe de mão, cerco e limpeza, ação psicológica e assuntos civis.

Antes dos primeiros atos de sublevação em angola, são mobilizadas no BC 5 as primeiras unidades de caçadores especiais (ccaçesp 60, 61 e 62) que terminam a instrução no CIOE e embarcam a 10 jun. 60 para o teatro de operações de angola. os cursos de operações especiais iniciaram-se em 1963 para garantir a formação de subunidades nas áreas da contrassubversão e contraguerrilha, garantindo-se simultaneamente a elaboração de doutrina e a atualização das técnicas nestas áreas. Durante 15 anos, cumpriu cabalmente a missão que lhe tinha sido determinada, salientando-se pelo alto valor demonstrado na formação de quadros e de algumas subunidades combatentes (Caçadores Especiais e Companhias de Comandos), que em África, na Guerra do Ultramar e nos Teatros de Operações de Angola, Moçambique e Guiné, de 1961 a 1974, deram provas inequívocas do heroísmo e demonstraram possuir alta noção do seu dever, cobrindo-se de glória em muitas das ações da sua empenhada atividade operacional. A sua divisa passou a ser «QVE OS MVITOS, POR SER POVCOS, NAM TEMAMOS», outro verso Camoniano mais ajustado à realidade presente e que veio fazer jus ao valor da Unidade, demonstrado durante a Guerra do Ultramar. Pela sua ação neste período, a Unidade mereceu a legenda ANGOLA, MOÇAMBIQUE E GUINÉ, 1961-1974.

Em 9 de Agosto de 1975, o CIOE foi transformado na Escola de Formação de Sargentos. Neste período, a missão prioritária foi ministrar a primeira parte dos Cursos de Formação de Sargentos, cujo primeiro teve início em 7 de Fevereiro de 1977.

Desde aquela data e até Agosto de 1981, a Unidade formou 1111 sargentos para as diversas armas e serviços do Exército, continuando, porém, e em simultâneo, a ministrar os Cursos de Operações Especiais a Oficiais e Sargentos dos Quadros Permanente e de Complemento.

Em 1 de Fevereiro de 1981, por despacho do General Chefe do Estado-maior do Exército, voltou esta Unidade à sua anterior designação de Centro de Instrução de Operações Especiais, recebendo nova missão, similar à estabelecida pelo Decreto-Lei 42926 de 15 de Abril de 1960. Contudo, é o Despacho nº 37/88 de 26 de Abril do Chefe do Estado-maior do Exército, então o General Mário Firmino Miguel, que melhor a concretiza, estabelecendo definitivamente conceitos e definindo com exatidão as missões da Unidade. Este despacho determina as ações a desenvolver na área das operações não convencionais, instruindo quadros e tropas de Operações Especiais para atuarem com um elevado grau de independência e cumprirem missões de grande dificuldade e risco, como ministrar o curso de operações irregulares a todos os oficiais e sargentos do quadro permanente do exército e extensível aos outros ramos das Forças Armadas. Conforme superiormente aprovado passa a integrar encargo operacional no âmbito da OTAN e defesa do território nacional desenvolvendo em simultâneo doutrina na área das novas ameaças como o terrorismo.

Na última metade do século XX a atividade desta Unidade foi notória, destacando-se a sua extraordinária ação na Guerra do Ultramar, a sua preponderante ação no Movimento das Forças Armadas e a sua decisiva atuação para a estabilização da democracia, a participação em exercícios combinados e conjuntos no Teatro de Operações Europeu e, neste âmbito, o exercício do Comando da Componente de Operações Especiais, nas quais participaram Forças de diferentes países; o empenhamento em operações de evacuação de cidadãos nacionais e de apoio à paz, realizadas na Guiné, Senegal, Cabo Verde, República do Congo, São Tomé, Bósnia-Herzegovina, Kosovo e Timor-Leste.

Em 01 de Julho de 2006, em virtude do processo de transformação do Exército que se encontra materializado no Decreto Lei N.º 61/2006, de 21 de Março e por despacho N.º 12 555/2006 de 24 de Maio de 2006, do Ministro da Defesa Nacional, o Centro de Instrução de Operações Especiais passou a designar-se por Centro de Tropas de Operações Especiais (CTOE) e a integrar a Brigada de Reação Rápida (BrigRR) de quem depende, continuando a ter a responsabilidade pela formação de militares na área das operações não convencionais e a aprontar as forças de operações especiais.