Este conflicto tiene sus inicios en el siglo XIX cuando el mapa de Sudamérica era diferente y Chile era un pequeño pero próspero país, que explotaba recursos minerales en suelo boliviano con el apoyo de capitales ingleses. En 1879 el gobierno de Bolivia decidió elevar en 10 centavos los impuestos a cada quintal de salitre extraídos de su territorio y exportados por una empresa chileno-británica. En represalia, Chile invadió Bolivia y le declaró la guerra.

Perú trató de mediar en el conflicto, pero Chile también le declaró la guerra al Perú, debido a que el Perú tenía una alianza militar con Bolivia.

La guerra tomó por sorpresa a Bolivia y Perú, quienes se encontraban en clara desventaja militar frente a Chile. Bolivia no tenía armada ni Ejército y tras un año de enfrentamientos se retiró de la guerra, dejando al Perú solo contra Chile.

Luego de cuatro años de guerra, Chile venció al Perú y extendió sus fronteras hasta sus actuales límites, apropiándose de las provincia boliviana de Antofagasta y las provincias peruanas de Tarapacá y Arica. También ocupó la ciudad de Lima por cuatro años y la provincia de Tacna por 50 años. Bolivia perdió su acceso al mar.

Entonces, Chile emprendió una política de "chilenización" de las provincias peruanas y bolivianas, expulsando a familias que habían habitado la zona por cientos de años y colocando en su lugar a colonos chilenos, en lo que se denominó "chilenización".

Sólo de la ciudad de Iquique fueron expulsados 40,000 peruanos y sus propiedades fueron confiscadas por el gobierno chileno. Los pobladores que se negaban a dejar su ciudad eran hostilizados y amenazados de muerte y sus nombres eran publicados en "actas de defunción" en los diarios.

De esta forma, Chile tomó posesión no sólo de una importante extensión territorial, sino también de enormes depósitos salitreros, guaneros y cupríferos, así como de extensos recursos marinos que contribuyeron decisivamente a su actual riqueza económica.

Ya que el Perú se negaba a rendirse, Chile apresó al presidente peruano y lo retuvo en territorio chileno hasta que se firmó el Tratado de Ancón, que puso fin a la guerra en 1883 y por el cual Chile incrementó su territorio, avanzando del paralelo 24 hasta el paralelo 18. En ese Tratado, así como en el complementario Tratado de Lima de 1929 se determinan las nuevas fronteras terrestres, pero no existen referencias sobre las fronteras marítimas entre Chile y Perú.

En 1947, tanto Chile como Perú proclaman unilateralmente, que sus respectivos Estados poseen sobería sobre los mares adyacentes a las costas de sus territorios.