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Welcome! Here you can find some of my research and teaching works. My interests are bioinformatics, genomics, medical genetics, cell biology, and malacology. Now I am studying RNA structure and function.
欢迎访问！这里可以浏览和下载我的一些研究和教学文件。 我的主要兴趣是生物信息学、基因组学、医学遗传学、细胞生物学和贝类学。目前，我正在研究RNA的结构和功能。
Selected Publications 主要论著
A complete list of Wen Zhang's publications at Publications. 完整论著列表见论著。
- Human Genes Dictionary《人类基因辞典》
在《人类基因功能手册》的基础上，根据Entrez Gene、Gene Ontology 和OMIM 等数据库中2009年初有关人类基因的最新资料编译而成。全书包括蛋白质编码基因、RNA编码基因、其他基因、未分类基因、假基因、中英文词汇等部分，是查阅和学习人类基因的工具书，读者对象包括生物医学研究者、教师、学生等。2009年3月发表。 - Species Index《物种纲目》
根据NCBI Taxonomy，对27万物种按4万多个属名进行排序，并给出了属所在的界、门、纲、目、科的中文名或拉丁名。《物种纲目》是查询物种类别的参考书，读者对象是生物分类的工作者和爱好者。2007年5月24日发表。 sp705.zip - Human Gene Clusters《人类基因聚类》
在《人类基因功能手册》的基础上，对七千多个基因术语进行了基因聚类。全书包括人类基因的细胞成分聚类、分子功能聚类、生命过程聚类、疾病相关基因和英汉基因词汇等五部分，是一本查阅和学习人类基因分类和基因术语的工具书，读者对象包括生物医学研究工作者、教师、学生和相关领域的其他读者。2006年8月发表。hgc608.pdf - A Function Index of Human Genes《人类基因功能手册》
汇集NCBI Gene、Gene Ontology 和OMIM 等数据库中有关人类基因功能的最新资料，对两万多个人类基因的功能进行注解和翻译，内容包括基因的符号、中英文名称、细胞成分、分子功能、生命过程、相关疾病、OMIM 编号和染色体定位等八项内容。书末的人类基因别名索引和英汉基因词汇索引便于读者根据基因别名和英文基因词汇进行基因功能信息查询。《人类基因功能手册》是一本查阅人类基因功能信息和基因术语的工具书，读者对象为生物医学研究者、教师、学生和相关领域的读者。2006年7月发表，2006年8月修订。 hg608.pdf - Practical Proteomics《蛋白质组学实践》
A summary of my proteomics works when I visited Banerjee Lab at University of Nebraska-Lincoln in 2003-2004. Updated in August, 2005. - Expression profile of the homocysteine junction enzymes in the NCI60 panel of human cancer cell lines. 人癌细胞系NCI60平台中高半胱氨酸关联酶的表达谱（Cancer Research 65:1554-1560, SCI IF 7.616）
在University of Nebraska-Lincoln的研究工作，测定美国癌症研究所60种人癌细胞中蛋氨酸依赖性相关酶的表达，分析了蛋白质表达与RNA表达及抗癌化合物活性的相关性，实验检验前列腺癌细胞系的蛋氨酸依赖性的原因。 5cr-NCI60.pdf - Statistical resynchronization and Bayesian detection of the periodically expressed genes. 周期性表达基因的统计复同步和贝叶斯鉴别（Nucleic Acids Research 32:447-455, SCI IF 7.552）
在哈佛的研究工作，用Jun S. Liu教授建立的“周期－正态混合”模型和“Beta混合”模型，鉴别出822个酵母周期性表达基因，分析这些基因的生物学功能发现，大多数与细胞周期各环节的事件密切相关。4nar-PNM.pdf - Bioinforamtics studies on the genetic code and HIV-1 fusion peptide《遗传密码和HIV-1融膜肽的生物信息学研究》
1998年在云南大学完成的硕士学位论文，分为五个部分：1 生物分子数据库GenBank、Swiss-Prot、PDB的使用方法介绍；2 密码子第1、2、3位排布的规律性探索；3 密码子第3位UC同义替换对mRNA结构的影响；4 综述HIV的入侵机制；5 HIV-1融膜肽结构的分子力学预测和功能的“插销”模型。zwthesis.zip
Courses 课程
- Bioinformatics (postgraduate) 生物信息学（研究生）2009
第1讲 生物信息学概论 张闻 2009-2-23 1.pdf 1HowtoWrite2009.pdf
第2讲 人类基因组 张彦 2009-3-2 2HumanGenome.pdf
第3讲 线粒体基因组 陈元晓 2009-3-9
第4讲 药物基因组学 龙莉 2008-3-16
第5讲 基因组小结 张闻 2009-3-23
第6讲 生物信息查询 张闻 2009-3-30
第7讲 生物序列比较 张闻 2008-4-6
第8讲 生物分子结构 张闻 2009-4-13
第9讲 生物功能分析 张闻 2009-4-20 - Cell Biology (undergraduate) 细胞生物学（本科） 2007
cellcourse06.pdf 2006年9月～2007年1月 - Others 其他
- Python
两序列全局比对：Needleman等1970s建立的动态规划算法。needleman.py 2006年2月
两序列局部比对：Smith和Waterman等1980s对Needleman算法的扩展。waterman.py 2006年2月
多序列共同词查找：Laurence、Liu JS等1993年Science论文提出的Gibbs抽样器。运行前需要在同目录下先建一个名为sq的文本文件作为多序列的输入文件，每行为一个序列，内含一个10字母的共同词（改词长度要改程序中的w），词间可有小的差异。gibbs93.py 2005年12月 - ZWBIO
2000年做的网站，仅供参考 zwbio.zip 2000年12月
bicourse.pdf 2006年9月～2007年1月
MedicalGenetics07.zip 2007年2月～7月 内容包括