Институт Тахо-Байкал был основан в 1990 году с целью охраны озера Тахо в Калифорнии и озера Байкал в Сибири, а также других великих озер мира, нуждающихся в охране. Охрана осуществляется через учебные экологические программы, исследования и международные обмены студентов, ученых и работающих в области науки, экономики, политики и других связанных областях.

ТБИ зарегистрирован как 501(c) (3) некоммерческая организация США, находящаяся в г. Южное Озеро Тахо (Калифорния, США). В ТБИ работает штат, действующий в Южном Озере Тахо, Иркутске (Иркутская область, Россия), и Улан-Удэ (Республика Бурятия, Россия). Работой управляет американский руководитель, и программы координируются американским Программным Директором в сотрудничестве с находящимися в России Программными координаторами в Иркутске и Улан-Удэ.

Совет Директоров в Соединенных Штатах обеспечивает политику и финансовое обеспечение работы, и Совет консультантов в России помогает с элементами программы в Российской Федерации. Программы ТБИ всегда работали за счет внутреннего финансирования, спонсорской поддержки, добровольных пожертвований, грантов и других источников дохода, таких как ежегодное собрание ТБИ, оплата обменных услуг и т.д.