Curso Internacional de Postgrado

Métodos en Sistemática Molecular de Organismos Fotosintetizadores

Descripción

Curso teórico práctico que incluye técnicas de aislamiento, amplificación, clonamiento y secuenciación de ADN; uso de marcadores de ADN para resolver problemas de Sistemática a distintos niveles jerárquicos; procesamiento de datos utilizando diferentes métodos de inferencia filogenética (Parsimonia, Máxima verosimilitud, Bayesiano) y uso de programas computacionales para reconstrucción filogenética. 

Profesores

- Dra. Helga Ochoterena, Universidad Autónoma de México, UNAM.

- Dr. Thomas Proschold, Culture Collection of Algae and Protozoa, Scottish Association for Marine Science Dunstaffnage Marine Laboratory, Dunbeg by Oban, Argyll, United Kingdom.

- Dr. Cristián Hernández, Departamento de Zoología, Facultad de Ciencias Naturales y Oceanográficas, Universidad de Concepción, Chile.

- Dra. Patricia I. Gómez y Dr. Eduardo Ruiz,  Departamento de Botánica, Facultad de Ciencias Naturales y Oceanográficas, Universidad de Concepción, Concepción, Chile.

 

Idiomas: español e inglés

 

Fecha y lugar: el curso se realizará entre los días 7 y 16 de enero del 2008, en el Departamento de Botánica, Universidad de Concepción. Concepción, Chile.

 

Número de Asistentes: está programado para un máximo de 20 alumnos.

Costo: US$ 160.

Para mayor información dirigirse a la Dra. Maria Negritto, Departamento de Botánica, Universidad de Concepción, Casilla 160-C, Concepción, Chile. Teléfono 56 41 204418; mnegritto@udec.cl

Temario del curso:

I.- Datos Moleculares  (E. Ruiz)

Ventajas y desventajas de su utilidad para estudios de Sistemática.

II.- Mutaciones como fuente de variabilidad genética: (P. Gómez)

Definición de mutación, mutaciones espontáneas versus inducidas, mecanismos moleculares implicados, tipos de mutágenos, mutación versus reversión.

III.- Tipos de marcadores de ADN utilizados para revelar polimorfismo genético: (P. Gómez)

Concepto de polimorfismo genético, aplicaciones de los marcadores de ADN, marcadores codominantes versus dominantes, marcadores multilocus versus single locus, marcadores fingerprinting, secuenciación como técnica para revelar variabilidad genética, técnicas para revelar diversidad genética en comunidades (microorganismos).

IV.- Métodos de Reconstrucción Filogenético  (H. Ochoterena)

IVa.- Métodos cladisticos

Homología y parsimonia

Caracteres: tipos de caracteres, análisis de caracteres.

Construcción de árboles:Número de hipótesis por evaluar,Arboles de Wagner

Métodos heurísticos (NNI, SPR, TBR, Parsimonia de matraca). Optimización

Grupo externo.Enraizamiento, Monofilia, parafilia y polifilia.Polaridad de caracteres

Evaluación de resultados y estadísticas de los árboles (Índices de consistencia y retención, Árboles de consenso, Pesaje, Evidencia total o congruencia taxonómica,

Medidas de soporte de ramas).

IVb.- Métodos probabilísticos (C. E. Hernández)

Métodos filogenéticos basados en criterios de optimización de modelos de evolución.

Explorar las principales aproximaciones para evaluar la divergencia evolutiva de los taxa, demostrando las ventajas y desventajas de la reconstrucción filogenética usando aproximaciones de maximum likelihood (ML) y Bayesiana. Discutir la utilidad de los modelos evolutivos de secuencias y las aproximaciones para estimar estos modelos.

Bayesiano: El mejor árbol versus incertidumbre filogenética

Principios, ventajas, desventajas, modelos, Bayes factor.

V.- Metodologías para optimizar el alineamiento de secuencias. (T. Proschold)

Análisis de estructura secundaria de genes y espaciadores ribosomales incluyendo el uso de Mfold, 4SALE and LoopDloop, cambios de bases compensatorias (CBC, HCBC) y sinapomorfias no-homoplásicas (NHS).

VI.- Programas Computacionales

PAUP, PAUP-UP, Nona, TNT, WinClada, Mr. Bayes, Bayes phylogeny, Model Test, Mr. Model Test, MEGA, , DAMBE, , Splits Tree4.

Cronograma:

C. Hernández

1er dia: mañana

2° dia: mañana (teorico) tarde (lab comp.)

3er dia: mañana (teorico) tarde (lab comp.)