El Catálogo de las Plantas de Colombia comenzó a gestarse en junio de 2001, como iniciativa conjunta del Instituto de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Colombia y el Departamento de Botánica Sistemática de la Universidad de Göttingen. La iniciativa fue presentada a la comunidad biológica colombiana en julio de 2001, durante la celebración de una jornada de biodiversidad en Villa de Leyva, y en octubre del mismo año en el Octavo Congreso Latinamericano y Segundo Congreso Colombiano de Botánica en Cartagena (Bernal 2002). En noviembre de 2003, con el apoyo de la Fundación Volkswagen, se dio comienzo a la primera etapa del proyecto: el proceso de recopilación y depuración de la información.
 

La razón para producir el Catálogo en dos etapas fue doble. En primer lugar, los recursos obtenidos para financiar el proyecto no garantizaban la culminación de la obra, estimada para mediados de 2008, por lo que resultaba más conveniente producirla mediante sucesivas aproximaciones. De esta manera, se aseguraba el tener, al final de la primera fase, un producto no del todo refinado pero ya utilizable, que sirviera de base para la construcción de la versión final. Por otra parte, la lista inicial de angiospermas de la que se partió era incompleta y estaba desactualizada, así que mal podría servir de base a un especialista para su propia compilación. Se requería un largo proceso de depuración de especies y de estandarización de nombres y de autores, antes de que la lista pudiera ser de alguna utilidad. En ese proceso decidimos también incorporar a las listas todos los nombres de especies colombianas registrados en el Herbario Nacional Colombiano y los documentados en la base de datos del Missouri Botanical Garden, a la vez que se hacía una revisión general de la validez de cada nombre, de su vigencia actual y de la presencia efectiva de la especie en Colombia. Por razones de tiempo, esta revisión tuvo un nivel de profundidad diferente en las diversas familias. Mientras que para algunas de ellas la revisión cubrió la mayor parte de la literatura disponible sobre el grupo, para otras se limitó a revisar los nombres en algunas bases de datos de internet (W³TROPICOS, ILDIS, IPNI) y a verificar la presencia de la especie en el país.

Todas las listas del Catálogo serán revisadas y perfeccionadas por especialistas durante los dos años y medio que durará la segunda etapa. De esta manera, la versión final del Catálogo de las Plantas de Colombia que se entregará a la comunidad científica y a la sociedad a mediados de 2009 será el reflejo más fiel posible del estado actual de conocimiento de nuestra flora.