Tendo em conta a realidade das regiões autónomas dos Açores e da Madeira, nomeadamente a dispersão territorial, as características topográficas das ilhas (com muitas áreas inacessíveis) e o reduzido número de observadores, entre outros, haverá uma adaptação da metodologia às ilhas, nomeadamente no que à selecção das áreas de contagem diz respeito.

Nesse sentido, não haverá quadrículas definidas à partida, sendo pedido aos observadores que seleccionem troços da costa com dimensão não inferior a 500 metros, e que informem o respectivo Organizador Regional que, em conjunto com a Equipa Coordenadora, decidirá sobre a adequação dos sectores propostos para a realização das contagens. Pede-se aos observadores para que sempre que possível contem os mesmos sectores ano após ano.