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個人情報

• 名前　長田直樹
• 出身地　北海道帯広市　1975年2月17日生
• 所属　静岡県三島市谷田1111　国立遺伝学研究所　進化遺伝研究部門
• E-mail: nosada(a_t)lab.nig.ac.jp
• Blog; Facebook; Twitter
  
• Lab URL: http://www.nig.ac.jp/labs/EvoGen/

学歴

• 博士（理学）　東京大学大学院理学系研究科（人類学講座）　2002年3月
• 修士（理学）　東京大学大学院理学系研究科（人類学講座）　1999年3月
• 学士　東京大学　理学部生物科学科（人類学講座）　1997年3月

職歴

• 国立遺伝学研究所・総合研究大学院　助教　2010.1～
• 放射線医科学研究所　客員研究員　2012.5~
  
• 台湾成功大学　客員助理教授　2011.12
  
• 台湾成功大学　兼任助理教授　2009.1～2009.12
  
• 独立行政法人医薬基盤研究所　研究員　2005.4～2009.12
• 国立感染症研究所　研究官　2004.11～2005.3
• シカゴ大学　リサーチアソシエイト　2003.3～2004.10
• 東京大学　博士研究員　2002.5～2002.12
• 国立感染症研究所　協力研究員　2002.4～2003.2

資格

• 第一種放射線取扱主任者　2005年3月～

研究テーマ

• 生物のゲノム，遺伝情報はどのように進化してきたのか．以下のテーマについて分子生物学実験，集団遺伝学，バイオインフォマティクスなどの方法を用いて答えようと思っています．
• ヒトを含めた霊長類を中心に扱っていますが，ショウジョウバエや植物のデータも扱っています．
• 興味がわけば何でもやりますが，強いて言えば，バクテリアや酵母などの単細胞生物にはあまり萌えません．

ゲノム進化と自然選択

• 種間や種内の遺伝子データを用いて，どのような自然選択がかかってゲノムが進化してきたのかについて研究しています．
• 特に，ほぼ中立説で予測される，弱い淘汰圧がかかった時の進化パターンとその時に起こる遺伝子の相互作用に注目して研究を行っています．
• 霊長類の核ゲノムとミトコンドリアゲノムの相互作用の結果による、「弱有害相補進化による進化速度の加速」を提唱しています．
  

ゲノムと種分化

• 種が二つに分かれることを種分化と呼びますが，その時にゲノム配列はどのように分化していくのか，ゲノム配列を用いた統計的手法を用いて研究を行っています．
• われわれは種分化の過程で遺伝子交換が起きると，祖先集団の集団サイズが過剰に推定される可能性があることを提案しました．
• 動物と対局にある多細胞生物のシステムとして，植物の異質倍数体（allopolyploid）でのゲノム進化様式を調べています．
• 過去に異種間で遺伝子交雑があった場合に，移住に性比の偏りがあったかどうかを分子系統樹から推定することの統計的有意性について検討しました．
  

遺伝子発現パターンの進化

• 遺伝子配列から表現型につながる最初のところが遺伝子発現です．遺伝子発現の進化を調べることにより，遺伝子型と表現型の進化のギャップを埋めることが期待できます．
• 様々な生物種のマイクロアレイや次世代シークエンサーから得られた遺伝子発現データを解析しています．

遺伝子重複とゲノムの新規性創出について

• 遺伝子重複は新しい遺伝子を作り出す大きな力を持っています．
• ケモカイン遺伝子や反芻類特異的なbcnt遺伝子など個々の遺伝子ファミリーについて共同研究を行い，その分子進化パターンを明らかにしています．
• 重複遺伝子間での遺伝子変換（gene conversion）についての研究を行っています．

ヒト疾患についての進化学的考察

• 人にとって病気とは何なのか．進化という面から病気を考えています．
• 霊長類での遺伝子の進化パターンを見れば見るほど，ヒトのゲノムにかかる自然選択はかなりいい加減であるということがわかってきます．
• 集団遺伝学の理論に基づきデータを解析することにより，哲学的な問題について科学的なスタンスでアプローチしようとしています．

霊長類ゲノムプロジェクト

• 霊長類はわれわれに近縁で親しみやすいだけでなく，進化の研究や医学研究にも非常に役立っています．
• 特に，医学薬学実験でよく使われているカニクイザルのゲノム解析をメインに研究を行っています．

学位論文

• 博士論文　 カニクイザル脳のcDNAライブラリー:　新規遺伝子探索，ヒトオーソログとの比較解析，および進化学的考察．東京大学大学院理学系研究科　2002年
• 修士論文　染色体DNA複製タイミングのヒトと近縁霊長類との比較： FISH法を用いた11p15領域の解析．東京大学大学院理学系研究科　1999年

査読あり国際誌論文

2012

• Chi-Chun Huan, Kuo-Hsiang Hung, Wei-Kuang Wang, Chao-Li Huang, Tsai-Wen Hsu, Naoki Osada*, Chi-Chuan Hwang*, Tzen-Yuh Chiang*. Evolutionary rates of commonly used nuclear and organelle markers of Arabidopsis relatives (Brassicaceae). Gene, 499: 194-201 (2012) [Link].
• Chao-Li Huang, Cheng-Yu Hung, Yu-Chung Chiang, Chi-Chuan Hwang, Tsai-Wen Hsu, Chi-Chun Huang, Kuo-Hsiang Hung, Kun-Chan Tsai, Kuo-Hsiung Wang, Naoki Osada*, Barbara A. Schaal*, Tzen-Yuh Chiang*, Footprints of natural and artificial selection for photoperiod pathway genes in Oryza. Plant J., 70: 769-782 (2012) [Link].
• Naoki Osada*, Hiroshi Akashi. Mitochondrial-nuclear interactions and accelerated compensatory evolution: Evidence from the primate cytochrome c oxidase complex. Mol. Biol. Evol. 29: 337-346 (2012) [Link].

2011

• Yasuhiro Uno, Naoki Osada*. CpG site degeneration triggered by the loss of functional constraint created a highly polymorphic macaque drug-metabolizing gene, CYP1A2. BMC Evol. Biol. 11:283 (2011) [Link].
• Naoki Osada*. Phylogenetic inconsistency caused by ancient sex-biased migration. PLoS ONE 6: e25549 [Link].
• Koei Sato, Akiko Iwata-Takamura, Naoki Osada, Yoshikawa Akira, Yuji Hoshi, Keiko Miyakawa, Yuko Gotanda, Masahiro Satake*, Kenji Tadokoro, Hideaki Mizoguchi. Novel DNA sequence isolated from blood donors with high transaminase levels. Hepatol. Res. 41: 971-981 (2011) [Link].
• Alice Aarnink, Pol-André Apoil, Ichiro Takahashi, Naoki Osada, Antoine Blancher*. Characterization of MHC class I transcripts of a Malaysian cynomolgus macaque by high throughput pyrosequencing and EST libraries. Immunogenetics 63: 703-713 (2011) [Link].
• Renchao Zhou, Shaoping Ling, Wenming Zhao, Naoki Osada, Sufang Chen, Meng Zhang, Hua Bao, Cairong Zhong, Bing Zhang, Xuemei Lu, David Turissini, Norman C. Duke, Jian Lu*, Suhua Shi*, Chung-I Wu*. Population genetics in non-model organisms: II. Natural selection in marginal habitats revealed by deep sequencing on dual platforms. Mol. Biol. Evol. 28: 2833-2842 (2011) [Link].
• Hisayuki Nomiyama*, Naoki Osada, Osamu Yoshie. A family tree of vertebrate chemokine receptors for a unified nomenclature. Dev. Comp. Immunol. 35: 705-715 (2011) [Link].

2010

• Wei-Kuang Wang, Chuan-Wen Ho, Kuo-Hsiang Hung, Kuo-Hsiung Wang, Chi-Chun Huang, Hitoshi Araki, Chi-Chuan Hwang, Naoki Osada*, Tzen-Yuh Chiang*. Multi-locus analysis of genetic divergence between outcrossing Arabidopsis species: evidence of genome-wide admixture. New Phytol. 188: 488-500 (2010) [Link].
• Naoki Osada*, Yasuhiro Uno, Katsuhiko Mineta, Yosuke Kameoka, Ichiro Takahashi, Keiji Terao. Ancient genome-wide admixture beyond current hybrid zone between Macaca fascicularis and M. mulatta. Mol. Ecol. 19: 2884-2895 (2010) [Link].
• Hisayuki Nomiyama*, Naoki Osada, Osamu Yoshie. Evolution of the Mammalian Chemokine Genes. Cytokine Growth Factor Rev. 21: 253-262 (2010) [Link].
• Yasuhiro Uno*, Akinori Matsushita, Naoki Osada, Shotaro Uehara, Sakae Kohara, Ryoichi Nagata, Koichiro Fukuzaki, Masahiro Utoh, Norie Murayama, Hiroshi Yamazaki. Genetic variants of CYP3A4 and CYP3A5 in cynomolgus and rhesus macaques. Drug Metab. Dispos. 38: 209–214 (2010) [Link].

2009

• Naoki Osada*, Makoto Hirata, Reiko Tanuma, Yutaka Suzuki, Sumio Sugano, Keiji Terao, Jun Kusuda, Yosuke Kameoka, Katsuyuki Hashimoto, Ichiro Takahashi. Collection of Macaca fascicularis cDNAs derived from bone marrow, kidney, liver, pancreas, spleen, and thymus. BMC Res. Notes 2: 199 (2009) [Link].
• Noriko N. Miura, Motohiko Komai, Yoshiyuki Adachi, Naoki Osada, Yosuke Kameoka, Kazuo Suzuki, Naohito Ohno* IL-10 Is a Negative Regulatory Factor of CAWS-Vasculitis in CBA/J Mice as Assessed by Comparison with Bruton's Tyrosine Kinase-Deficient CBA/N Mice. J Immun. 183: 3417-3424 (2009) [Link].
• Atsunori Higashino*, Naoki Osada, Yumiko Suto, Makoto Hirata, Yosuke Kameoka, Ichiro Takahashi, Keiji Terao. Development of an integrative database with 499 novel microsatellite markers for Macaca fascicularis. BMC Genetics 10: 24 (2009) [Link].
• Shintaro Iwashita*, Kentaro Nakashima, Motoki Sasaki, Naoki Osada, Si-Young Song. Multiple duplication of the bucentaur gene family, which recruits the APE-like domain of retrotransposon: identification of a novel homolog and distinct cellular expression. Gene 435: 88-95 (2009) [Link].
• Naoki Osada*, Shuhei Mano, Jun Gojobori. Quantifying dominance and deleterious effect on human disease genes. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 106: 841-847 (2009) [Link].

2008

• Naoki Osada, Hideki Innan*. Duplication and Gene Conversion in the Drosophila melanogaster Genome. PLoS Genet. 4: e1000305 (2008) [Link].
• Hisayuki Nomiyama*, Kunio Hieshima, Naoki Osada, Yoko Kato-Unoki, Kaori Otsuka-Ono, Sumio Takegawa, Toshiaki Izawa, Yutaka Kikuchi, Sumio Tanase, Retsu Miura, Jun Kusuda, Miki Nakao, Osamu Yoshie, Akio Yoshizawa. Extensive Expansion and Diversification of the Chemokine Gene Family in Zebrafish: Identification of a Novel Chemokine Subfamily CX. BMC Genomics 9: 222 (2008) [Link].
• Naoki Osada*, Katsuyuki Hashimoto, Yosuke Kameoka, Makoto Hirata, Reiko Tanuma, Yasuhiro Uno, Itsuro Inoue, Munetomo Hida, Yutaka Suzuki, Sumio Sugano, Keiji Terao, Jun Kusuda, Ichiro Takahashi. Large-scale analysis of Macaca fascicularis transcripts and inference of genetic divergence between M. fascicularis and M. mulatta. BMC Genomics 9: 90 (2008) [Link].
• Yasuhiro Uno*, Yutaka Suzuki, Hiroyuki Wakaguri, Yoshiko Sakamoto, Hitomi Sano, Naoki Osada, Katsuyuki Hashimoto, Sumio Sugano, Itsuro Inoue. Analysis of expressed sequence tags from liver in cynomolgus monkey (Macaca fascicularis): A systematic identification of drug-metabolizing genes. Febs lett. 582: 351-358 (2008) [Link].
• Naoki Osada, Sumio Sugano, Yutaka Suzuki. Evolution of Gene Expression in Human and Chimpanzee Brains. In: Encyclopedia of Life Sciences (ELS), John Wiley & Sons, Ltd: Chichester (2008) [Link].

2007

• Kenji Kawabata, Katsuhisa Tashiro, Fuminori Sakurai, Naoki Osada, Jun Kusuda, Takao Hayakawa, Kouichi Yamanishi, Hiroyuki Mizuguchi*. Positive and negative regulation of adenovirus infection by CAR-like soluble protein, CLSP., Gene Ther. 14: 1199-1207 (2007) [Link].
• Naoki Osada*. Inference of expression-dependent negative selection based on polymorphism and divergence in the human genome. Mol. Biol. Evol. 24: 1622-1626 (2007) [Link].
• Naoki Osada*, Katsuyuki Hashimoto, Momoki Hirai, Jun Kusuda. Aberrant termination of reproduction-related TMEM30C transcripts in the hominoids. Gene 392: 151-156 (2007) [Link].
• Hurng-Yi Wang, Huan-Chieh Chien, Naoki Osada, Katsuyuki Hashimoto, Sumio Sugano, Takashi Gojobori, Chen-Kung Chou, Shih-Feng Tsai, Chung-I Wu*, C.-K. James Shen*. Rate of evolution of brain-expressed genes in humans and other primates. PLoS Biol. 5: e13 (2007) [Link].
• Hisayuki Nomiyama*, Kaori Otsuka-Ono, Retsu Miura, Naoki Osada, Keiji Terao, Osamu Yoshie, Jun Kusuda. Identification of a Novel CXCL1-Like Chemokine Gene in Macaques and its Inactivation in Hominids. J Interferon Cytokine Res. 27: 32-37 (2007) [Link].

2006

• Naoki Osada†, Michael H. Kohn†, Chung-I Wu*. Genomic inferences of the cis-regulatory nucleotide polymorphisms underlying gene expression differences between Drosophila melanogaster mating races. Mol. Biol. Evol. 23: 1585-1591 (2006) [Link]. †equally contributed
• Shintaro Iwashita*, Sadao Ueno, Kentaro Nakashima, Si-Young Song, Kenshiro Ohshima, Kazuaki Tanaka, Hideki Endo, Junpei Kimura, Masamichi Kurohmaru, Katsuhiro Fukuta, Lior David, Naoki Osada. A tandem gene duplication followed by recruitment of a retrotransposon created the paralogous bucentaur gene (bcntp97) in the ancestral ruminant. Mol. Biol. Evol. 23: 798-806 (2006) [Link].

2005

• Naoki Osada, Makoto Hirata, Reiko Tanuma, Jun Kusuda, Munetomo Hida, Yutaka Suzuki, Sumio Sugano, Takashi Gojobori, C.-K. James Shen, Chung-I Wu, Katsuyuki Hashimoto*. Substitution rate and structural divergence of 5'UTR evolution: Comparative analysis between human and cynomolgus monkey cDNAs. Mol. Biol. Evol. 22: 1976-1982 (2005) [Link].
• Julie A. Alipaz, Shu Fang, Naoki Osada, Chung-I Wu*. Evolution of sexual isolation in laboratory populations: I. Genotypic vs. phenotypic changes during secondary contact. Amer. Natur. 165: 420-428 (2005) [Link].
• Naoki Osada, Chung-I Wu*. Inferring the mode of speciation from the genomic data: A study of the great apes. Genetics 169: 259-264 (2005) [Link].

2003

• Felix M Mesak, Naoki Osada, Katsuyuki Hashimoto, Qing Y Liu, Cheng E Ng*. Molecular cloning, genomic characterization and over-expression of a novel gene, XRRA1, identified from human colorectal cancer cell HCT116Clone2_XRR and macaque testis. BMC Genomics 4: 32 (2003) [Link].
• Shintaro Iwashita*, Naoki Osada, Tomohito Itoh, Mariko Sezaki, Kenshiro Oshima, Etsuko Hashimoto, Yuko Kitagawa, Ichiro Takahashi, Tohru Masui, Katsuyuki Hashimoto, and Wojciech Makalowski. A transposable element-mediated gene divergence that directly produces a novel type bovine Bcnt protein including the endonuclease domain of RTE-1 Mol. Biol. Evol. 20: 1556-1563 (2003) [Link].
• Ryuichi Sakate*, Naoki Osada, Munetomo Hida, Sumio Sugano, Ikuo Hayasaka, Shimohira Naoko, Shinsuke Yanagi, Yumiko Suto, Katsuyuki Hashimoto, Momoki Hirai. Analysis of 5’-end sequences of chimpanzee cDNAs. Genome Res. 13: 1022-1026 (2003) [Link].

2002

• Naoki Osada*, Munetomo Hida, Jun Kusuda, Reiko Tanuma, Makoto Hirata, Yumiko Suto, Momoki Hirai, Keiji Terao, Sumio Sugano, Katsuyuki Hashimoto. Cynomolgus monkey testicular cDNAs for discovery of novel human genes in the human genome sequences. BMC Genomics 3: 36 (2002) [Link].
• Naoki Osada*, Jun Kusuda, Makoto Hirata, Reiko Tanuma, Munetomo Hida, Sumio Sugano, Momoki Hirai, Katsuyuki Hashimoto. Search for genes positively selected during primate evolution by 5’-end sequence screening of cynomolgus monkey cDNAs. Genomics 79: 657-662 (2002) [Link].
• Naoki Osada*, Munetomo Hida, Jun Kusuda, Reiko Tanuma, Makoto Hirata, Momoki Hirai, Keiji Terao, Yutaka Suzuki, Sumio Sugano, Katsuyuki Hashimoto. Prediction of unidentified human genes on the basis of sequence similarity to novel cDNAs from cynomolgus monkey brain. Genome Biol. 3: research006.1-006.5 (2002) [Link].

2001

• Naoki Osada*, Munetomo Hida, Jun Kusuda, Reiko Tanuma, Kanako Iseki, Makoto Hirata, Yumiko Suto, Momoki Hirai, Keiji Terao, Yutaka Suzuki, Sumio Sugano, Katsuyuki Hashimoto. Assignment of 118 novel cDNAs of cynomolgus monkey brain to human chromosomes. Gene 275: 31-37 (2001) [Link].
• Yutaka Suzuki, Tatsuhiko Tsunoda, Jun Sese, Hirotoshi Taira, Junko Mizushima-Sugano, Hiroko Hata, Toshio Ota, Takao Isogai, Naoki Osada, Katsuyuki Hashimoto, Toshihiro Tanaka, Yusuke Nakamura, Akira Suyama, Yoshiyuki Sakai, Shinichi Morishita, Kousaku Okubo, Sumio Sugano*. Identification and characterization of the poteintial promoter regions of 1031 kinds of human genes. Genome Res. 11: 677-684 (2001) [Link].

2000

• Naoki Osada*, Jun Kusuda, Yutaka Suzuki, Sumio Sugano, Katsuyuki Hashimoto. Sequence analysis, gene expression, and chromosomal assignment of mouse Borg4 and its human orthologue. J. Human Genet. 45: 374-377 (2000) [Link].

査読無し論文・総説・解説・著書（和文・英文）

• Shintaro Iwashita Naoki Osada. Bucentaur (Bcnt) Gene Family: Gene Duplication and Retrotransposon Insertion, Gene Duplication, Felix Friedberg (Ed.), ISBN: 978-953-307-387-3, InTech (2011) [Link].
  
• Naoki Osada. An overview of transcriptome studies in nonhuman primates. In: Post genome Biology of primates (Primatology monographs). (Yasuhiro Go, Hiroo Imai, Hirohisa Hirai, Eds) Springer-Verlag, pp9-22 [Link].
• Naoki Osada, Sumio Sugano, Yutaka Suzuki. Handbook of Human Molecular Evolution. David N. Cooper (Editor), Hildegard Kehrer-Sawatzki (Editor), Chichester: John Wiley & Sons, Ltd .pp 1236-1241 (2008) [Link].
• 長田直樹．ヒトゲノム中での遺伝子発現パターンと淘汰圧との関係について．GSJコミュニケーションズ 86-5 (2007).
• 長田直樹，高橋一朗．JCRB遺伝子バンク：疾患研究と創薬にむけた遺伝子バンク．細胞工学 26: 1307-1308 (2007).
• 長田直樹、山下順範、川崎勝己．第24回日本分子生物学会年会 The 24th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan. バイオサイエンスとインダストリー = Bioscience & industry 60: 41-42 (2001).
• 和地正明、長田直樹、山下康治． 第23回日本分子生物学会年会 The 23th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan. バイオサイエンスとインダストリー = Bioscience & industry 59: 40-41 (2000).

学会発表・招待講演・講義

• Inference of natural selection by stratifying individual genome sequences　長田直樹，国立遺伝学研究所研究会：ゲノム多様性研究における革新的な知的発見のための戦略～次世代シーケンサーを用いたゲノム多様性研究における今後の課題～ 国立遺伝学研究所　2012年3月
• 多座位データを用いたゲノムヒストリーの推定　長田直樹，統計数理研究所共同利用研究集会　統計数理研究所　2011年12月
  
• Inference of population history using a single genome data, Naoki Osada, 第34回日本分子生物学会　パシフィコ横浜　2011年12月
• メタゲノム解析とその応用　長田直樹　メタゲノム解析を利用した下水道情報網基盤構築に関する研究集会　長野県諏訪市　2011年11月
• 機能喪失とCpGサイトの崩壊による旧世界ザルCYP1A2遺伝子の高い遺伝的多様性　長田直樹，宇野泰広　第83回日本遺伝学会　京都大学　2011年9月
• 霊長類の中のヒト:ゲノム多様性の種間比較　長田直樹　遺伝研共同研究集会：ヒト形質のゲノム発掘による新しい進化人類学の創成　国立遺伝学研究所　2011年7月
• ヒトの遺伝的多様性―進化生物学的視点から　長田直樹　日本赤十字第6回学術講演会，日本赤十字社，2011年6月
• 人類集団における自然淘汰　長田直樹　現生人類の拡散による遺伝子と文化の多様性創出に関する総合的研究　第二回研究会，国立遺伝学研究所，2011年3月
• Genetic analysis using multi-locus DNA sequence data for ecology and evolution research, Naoki Osada, NIG Collaborative Research Meeting: Toward Next Generation Studies of Biodiversity and Bioresources, National Institute of Genetics, 2010年11月
• ヒトの遺伝的多様性とゲノムにかかる自然選択について　長田直樹　遺伝研共同研究集会：個人ゲノム時代におけるヒトゲノムＤＮＡ多型研究　国立遺伝学研究所　2010年11月
• ミトコンドリア・核遺伝子間の弱有害補完モデル：霊長類COX遺伝子群の進化を例に　長田直樹，明石裕　第90回日本遺伝学会　北海道大学　2010年9月
• マルチローカスデータを用いた進化生態学研究について　長田直樹　日本進化学会　東京工業大学大岡山キャンパス　2010年8月
• 実験用霊長類の種差・個体差について：ゲノム解析の視点から　長田直樹　日本薬学会　岡山コンベンションセンター　2010年3月
• カニクイザルのトランスクリプトーム解析　長田直樹　国際生物多様性会議　犬山国際センター　2010年3月
• 進化生物学への次世代シークエンサーの応用について　長田直樹　ゲノム多様性研究会　国立遺伝学研究所　2010年1月
• カニクイザルcDNAラ イブラリーの解析とゲノム統合データベースの開発　長田直樹，平田誠，田沼玲子，亀岡洋祐，高橋一 朗，東濃篤範，鈴木穣，菅野純夫，寺尾恵治，楠田潤，橋本雄之　第32回日本分子生物学会　パシフィコ横浜　2009年12月
• 有害な突然変異とその優性度の推定について：ヒト疾患遺伝子の解析　長田直樹　第89回日本遺伝学会　信州大学　2009年9月
• Polymorphism, Divergence, and Speciation: Genomic Perspective. NIG seminar　国立遺伝学研究所　2009年3月
• Evolutionary Genomics. Short Course Lectures at National Chen-Kung University　台南　2009年2月
• カニクイザル骨髄，脾臓，膵臓由来cDNAライブラリーの解析　長田直樹，平田誠，田沼玲子，亀岡洋祐，高橋一郎　第31回日本分子生物学会　神戸国際展示場　2008年12月
• ヒトゲノム中の塩基置換多型と疾患関連遺伝子について　長田直樹　第62回日本人類学会　愛知学院大学　2008年11月
• 種内差，種間差，種分化について：ゲノムの視点から　長田直樹　東京大学柏キャンパス　2008年10月
• 実験用霊長類（マカク属）間における遺伝子交雑と種分化について　長田直樹　第80回日本遺伝学会　名古屋大学工学部　2008年9月
• ヒト疾患とほぼ中立説　長田直樹　中立進化論の現在　国立遺伝学研究所　2008年7月
• 実験用マカク間における遺伝的分化と交雑についてのゲノム解析　長田直樹，亀岡洋祐，高橋一朗，寺尾恵治　第24回日本霊長類学会　明治学院大学　2008年7月
• カニクイザルcDNAライブラリーコレクションの拡充とその解析　長田直樹，橋本雄之，楠田潤，亀岡洋祐，田沼玲子，平田誠，高橋一朗　第30回日本分子生物学会　パシフィコ横浜　2007年12月
• 突然変異にかかる淘汰圧と遺伝子発現の関係について　長田直樹　バイオインフォマティクスセミナー　北海道大学　2007年10月
• ヒトゲノム中での遺伝子発現パターンと淘汰圧との関係　長田直樹　第79回日本遺伝学会　岡山大学　2007年9月
• 遺伝子配列と発現パターンから見た霊長類進化　長田直樹　京都大学霊長類研究所共同利用プログラム・京都大学グローバルCOEプログラム　犬山国際センター　2007年9月
• ゲノムワイドな淘汰圧の検出と遺伝子発現パターンについて　長田直樹　第9回日本進化学会　京都大学　2007年9月
• カニクイザル由来cDNAデータベースの構築、アカゲザルとの比較解析　長田直樹、橋本雄之、平田誠、田沼玲子、亀岡洋祐、楠田潤　第23回日本霊長類学会　滋賀県立大学 2007年7月
• DNAからわかること　長田直樹　JSTサイエンスパートナープログラム 茨木市　2006年11月
• 高等霊長類でのTMEM30C遺伝子転写の進化　長田直樹、橋本雄之、平井百樹、楠田潤　日本進化学会　東京　2006年8月
• カニクイザルcDNAの解析とデータベース構築 長田直樹、平田誠、田沼玲子、高橋一朗、亀岡洋祐、橋本雄之、楠田潤 日本分子生物学会　福岡　2005年12月
• カニクイザルcDNAデータベースの紹介と応用:　ミトコンドリア蛋白で起こった正の淘汰 長田直樹 日本遺伝学会大会　東京　2005年9月
• ゲノムレベルでわかる霊長類進化　長田直樹　遺伝研生命情報センターCIBセミナー　国立遺伝学研究所　2005年6月
• Gene expression of Drosophila melanogaster head with sexual isolation - cis-associated difference and pattern of sex, virginity and genotype. 長田 直樹, Kohn Mickael, Greenberg Anthony Shapiro Joshua, Wu Chung- 日本分子生物学会　神戸　2004年12月
• カニクイザル 脳cDNAを利用したヒトゲノム配列からのヒト新規遺伝子予測 Prediction of novel human genes applying cDNA sequence of cynomolgus monkey brain 長田直樹、肥田宗友、楠田潤、田沼玲子、平田誠、平井百樹、橋本雄之　日本分子生物学会　横浜　2002年12月
• カニクイザル完全長cDNAの分離ーヒトゲノム配列での新規ヒト遺伝子同定および既知ヒト遺伝子との配列比較 長田直樹　哺乳動物遺伝学研究会　北海道　2002年6月
• カニクイザル脳由来完全長cDNAライブラリーからの新規遺伝子の探索及び解析 Isolation and sequence analysis of newly identified clones from full-length cynomolgus monkey brain cDNA library 長田直樹、肥田宗友、楠田潤、田沼玲子、伊関可奈子、平田誠、平井百樹、数藤由美子、橋本雄之　日本人類学会　京都　2001年8月
• カニクイザル脳由来完全長cDNAライブラリーの解析と新規遺伝子の探索 Analysis of full-length cynomolgus monkey cDNA library from brain and isolation of unidentified clones 長田直樹、肥田宗友、楠田潤、田沼玲子、伊関可奈子、平田誠、平井百樹、数藤由美子、橋本雄之　日本分子生物学会　神戸　2000年11月
• CpGアイランドを指標にしたマウス脳由来新規完全長cDNAクローンの分離 Isolation and analysis of unidentified mouse cDNA clones containing CpG islands 長田直樹、楠田潤、田沼玲子、伊藤亜紀子、平田誠、平井百樹、橋本雄之　日本分子生物学会　福岡　1999年11月
• ヒト第１１番染色体末端領域におけるDNA複製タイミングの解析 DNA replication timing of human chromosome 11p15 analyzed by FISH 長田直樹、笠井文生、伊関可奈子、楠田潤、橋本雄之、平井百樹　日本分子生物学会　横浜　1998年11月
• 染色体DNA複製タイミングのヒトと近縁霊長類における比較－FISH法による解析－ Analysis of DNA replication timing using FISH : A comparative study in primates 長田直樹、笠井文生、寺尾恵治、森祐介、早坂郁夫、平井百樹　日本人類学会　札幌　1998年9月
• FISH法を利用したDNA複製タイミングの解析 Analysis of DNA replication timing using FISH method 長田直樹、平井百樹　日本人類学会　筑波大学　1997年11月

国際学会発表・海外招待講演

研究費の獲得

• 平成17年度　研究寄付金（代表）　国際アミノ酸協会研究寄付金
• 平成19-21年度　厚生労働省科研費（分担）　動物資源の安定供給に向けた繁殖および品質管理技術の高度化に関する研究
• 平成19-20年度　文科省科研費若手研究B（代表）　実験用霊長類（マカク属）における種内および種間の遺伝的多様性に関する研究
• 平成19-20年度　文科省科研費基盤研究C（分担・連携）　ケモカインファミリー遺伝子の「生と死」と新規機能獲得に関する研究
• 平成22-25年度　文科省科研費若手研究A（代表）　次世代シークエンサーを用いた人工及び自然雑種の遺伝子発現ネットワーク解析
• 平成23-28年度　文科省新学術領域研究（分担）　ゲノム・遺伝子相関：新しい遺伝学分野の創成　体色の多様化が生む脳遺伝子の発現変化と性行動の不適合性の解析研究班

所属学会

• 日本遺伝学会
• 日本進化学会
  
• 日本分子生物学会
• 日本霊長類学会
• 日本人類学会
• International Primatological Society
• Society for Molecular Biology and Evolution

その他の研究活動

• 平成20年度　厚生労働省スーパー特区（ヒトiPS細胞を用いた新規in vitro毒性評価系の構築）研究協力者
• 平成21-23年度　厚生労働省難治性疾患克服研究事業　難治性疾患克服のための難病研究資源バンク開発研究班　研究協力者
• 平成22年　国際霊長類学会会議（IPS2010）Scientific committee
• 平成23年　国際分子進化学会（SMBE2011）Program Committee
• 平成22-23年度　総合研究大学院大学戦略的研究プロジェクト研究　現生人類の拡散による遺伝子と文化の多様性創出に関する総合的研究　研究班員
• 平成23年度　統計数理研究所公募型共同利用　ゲノム間相互作用の進化学的研究　研究代表者
• 平成23年度　日本霊長類学会　自然保護幹事
• 2011- Associate Editor of BMC Research Notes
  

受賞歴

• 2007年日本遺伝学会大会ベストペーパー賞　On the correlation between gene expression pattern and selection intensity in the human genome.
  

学術雑誌等査読

• BBSRC funding review, Biological Journal of the Linnean Society, BMC Genomics, Botanical Studies, Evolution, Genetics, Genetics Research, Genes and Genetic Systems, Genome Biology and Evolution, Human Mutation, Integrative Zoology, International Journal of Primatology, Journal of Human Genetics, Journal of Genetics and Genomics, Journal of Molecular Evolution, Journal of Theoretical Biology, The Journal of Plant Research, Marine Genomics, Molecular Biology and Evolution, Molecular Ecology, PLoS ONE, Primates