האבחון הדידקטי נועד לאתר את הסיבות לקשיי הלמידה של התלמיד. בעזרת סוללת מבחנים עדכניים, נבדקים: תפקודים קוגניטיביים  (זיכרון, חשיבה, תפיסה חזותית, הערכת מערכות השפה המנבאות הצלחה ברכישת קריאה / כתיבה וחשבון, ריכוז, ארגון, עיבוד ותפיסה) והשפעתם על למידתו של הנבדק. כמו כן, מתבצעות הערכת קריאה, הערכת כתיבה ובדיקת יכולות מתמטיות. האבחון מאתר את כוחות הנבדק ואף את אלה הקיימות אך אינן באות לידי ביטוי והמלצותיו כוללות חיזוק הכוחות וטיפול בקשיים כאחת. האבחון כולל המלצה להתאמות לדרכי הלמידה של התלמיד ומציע תוכנית מפורטת להוראה מתקנת לקידום התלמיד ומימוש הפוטנציאל שלו, בהתאם לתפקודו, יכולותיו וסגנון עבודתו. 

במרכז 'ניצנית' נערכים אבחונים דידקטיים לגילאים השונים: גיל חובה- ילדים בגילאי 5-6 מאובחנים על מנת לעמוד על מידת התאמתם לכיתה א' ובניית תוכנית לקידומם ושילובם בביה"ס היסודי. במידה ונמצא שאינם בשלים לעלות לכיתה א', נבנית תוכנית לחיזוק מיומנויות היסוד .כיתות היסוד וחט"ב- איתור הסיבות לקשיים, בירור מצב לימודי עדכני, בניית תכנית התערבות והתאמת דרכי הבחנות. תיכון- איתור סיבות לקשיים, בירור מצב לימודי עדכני, ובניית תכנית התערבות. וכן, התאמת דרכי הבחנות לקראת בחינות בגרות. זמן ממוצע לאבחון מקיף - 5 שעות.