Durante i lavori di ripristino del convento eseguiti nel primo decennio del XX° secolo, vennero scavati i bassifondi dell’antica fortezza etrusca e portati alla luce reperti archeologici di vario genere. Padre Cristoforo Giani si incaricò di raccoglierli e di unirli al materiale di scavo trovato nel pozzo dell’orto del convento. Si ebbe così il primo nucleo di quello che oggi è il Museo Etnologico Missionario ubicato nel piano terra del convento e accessibile dalla chiesa.

La nascita del vero e proprio Museo delle Missioni si deve all’idea di Padre Ambrogio Ridolfi (1875-1966) che nel 1920 fu destinato al convento. Egli portò con sé alcuni “cimeli cinesi” inviati verso la fine dell’800 al  convento di Santa Margherita a Cortona (Ar) da Padre Agostino Galassi missionario in Cina.

Padre Ambrogio con il benestare dei superiori scrisse ai confratelli della Provincia Toscana allora missionari in Egitto e nel vicariato di Lao-ho-kow in Cina, perché cooperassero ad una realizzazione più ampia del progetto allo scopo di sensibilizzare i giovani frati e i fedeli alla conoscenza di terre lontane e alla promozione umana e sociale di quelle popolazioni.

La collezione egizia deve la sua realizzazione alla Missione di Egitto e a Padre Sebastiano Bastiani (1891-1974), il quale aiutato dall’egittologo Ernesto Schiaparelli (1856-1928) fece da tramite per rifornire il Museo di oggetti di inestimabile valore, oltre che rari.

La sezione cinese ebbe come suo principale autore Padre Sebastiano Ceccherelli (1880-1967), missionario per venticinque anni in Cina e Padre Norberto Pieraccini (1911-1993).

Fine primario del Museo Etnografico di Fiesole non è, ovviamente, il suo contenuto artistico, benché in sé valido quale invito al culto della bellezza, ma anzitutto il desiderio di suscitare nei visitatori l'interesse per conoscere la vita e i problemi dei popoli lontani, nostri fratelli di fede e di umanità. Oggi diviene sempre più importante la conoscenza dell'altro diverso da noi per poterlo incontrare nel rispetto e nella comprensione della sua diversità.

Nel museo è possibile ammirare non solo una ricca varietà di cimeli di origine etrusco-romana, egiziana e cinese, ma anche manufatti riguardanti la vita liturgica e quotidiana dei frati francescani che continua ancora oggi nel convento di Fiesole. E' inoltre visitabile la graziosa cripta di S. Maria del Fiore, simbolo altrettanto significativo di fede e di spiritualità, base insostituibile di ogni slancio missionario e di evangelizzazione in genere. Non c'è infatti annuncio del Regno di Dio, se prima non si fa esperienza diretta di Dio attraverso la preghiera e la vita fraterna. Questo sta alla base del cristianesimo e dell'esperienza di S. Francesco di Assisi. Da questo colle, ricco di tanta storia, partì S. Bernardino da Siena, frate minore, con altri frati per predicare, nel Nome di Gesù, il Vangelo della gioia in tante regioni d'Italia. Accanto alla chiesa è possibile accedere alle vecchie celle dove ha dimorato il santo e i suoi confratelli durante la sua permanenza a Fiesole.

Il Museo Etnologico Missionario è aperto tutti i giorni escluso il lunedì durante gli orari di apertura della chiesa.

Ingresso dalla chiesa a offerta libera: il ricavato sarà devoluto per il mantenimento del museo.