O conjunto de esquemas A (I, II, III e IV), da figura 1, pretende representar um modelo de evolução geodinâmica paleozóica para o contacto entre a Zona Sul Portuguesa (ZSP) e a Zona de Ossa-Morena (ZOM), envolvendo rochas, nomeadamente na região de Beja, que estiveram associadas à formação de uma cadeia montanhosa - a cadeia varisca.

De forma simplificada, o mapa B da figura permite localizar, no território da Península Ibérica, essas duas unidades tectónicas, tal como as conhecemos actualmente.

Durante todo o Ordovícico até ao Devónico inferior é caracterizado por um processo de rifting (regime distensivo), com formação de placa oceânica. No Devónico médio o regime altera-se de distensivo para compressivo, com convergência das placas Laurentina-Baltica, Armorica e Gondwana. No Devónico superior consuma-se o fecho do ramo norte do Rheic (nome dado ao oceano formado no Paleozóico inferior), tendo a colisão continental promovido, na Península Ibérica, o empilhamento e deslocamento de mantos de carreamento (falhas inversas). Neste período terá ocorrido a formação e evolução da flake tectónica (esquema c). Terminado o processo de evolução da flake tectonics, é no Carbónico inferior que os ramos NE e SW da Cadeia Varisca Ibérica são soldados ao longo da linha de sutura que constitui o contacto entre a ZCI e a ZSP gerando-se dentro desta o cisalhamento de Tomar-Badajoz-Cordoba.

Entre Condeixa e Aveiro, a depósitos marinhos com amonites seguem-se camadas de carácter detrítico, com fácies fluvio-marinha ou deltaica que indicam novo movimento regressivo.

Os relevos calcários do centro do País (serras de Montejunto, Aire, Candieiros e Sicó, etc.) começaram a erguer-se e formaram-se durante a Era Mesozóica.

Em Óbidos-Caldas da Rainha, Soure, Sesimbra e Matacães existem deformações diapíricas no que se devem ter formado antes do fim do Cretácico.

As rochas que entraram em jogo nas deformações diapíricas foram principalmente margas, argilas e evaporitos da base do Jurássico. Constituem materiais muito plásticos que, quando comprimidos em profundidade, devido à pressão dos terrenos que se lhes sobrepõem tendem a deslocar-se para cima, injectando-se ao longo das fracturas e levantando as camadas superiores.

No final do Mesozóico houve fenómenos vulcânicos que não se manifestaram por actividade superficial, mas pela instalação de maciços tipo subvulcânico. Os maciços de Sintra, Sines e Monchique que foram, certamente, gerados por mecanismos daquele tipo são, provavelmente, contemporâneos; embora nos últimos anos o seu estudo tenha sido incrementado, não se considera que estejam totalmente esclarecidos todos os problemas que lhes dizem respeito.

A figura  representa um corte geológico, bastante simplificado e sem preocupações de escala, da região da serra de Sintra, cuja história geológica ficou marcada por uma intrusão magmática - maciço de Sintra - que deformou as rochas encaixantes preexistentes. Uma datação absoluta no local C indicou 82 M.a., aproximadamente (Cretácico superior). As letras A, B, C, D e E identificam cinco locais onde afloram diversas rochas, que só em A, B e D contêm fósseis, alguns dos quais referenciados no corte.

Devido à abertura progressiva do Atlântico Norte, produz-se uma rotação da Península Ibérica, individualizando-se esta região como uma pequena placa relativamente à Europa. A rotação da Península Ibérica como consequência do processo rifting leva à abertura, nessa altura, do golfo da Biscaia de um dos lados, mas que posteriormente não progrediria, dado que esta zona de rifle abortou a sua formação.

O afastamento da microplaca Ibérica teve lugar durante o Cretácico Inferior ao largo de um corredor transformante, numa situação tectónica semelhante à que ocorre actualmente na falha de Santo André (Califórnia). A falha transformante, que limita a placa Ibérica e Europeia, denomina-se falha Norte-Pirenaica, apresentando, na actualidade, uma sismicidade residual. A rotação da placa Ibérica parou no Cretácico Superior. Por acções tectónicas posteriores ocorre a convergência entre a Península Ibérica e a Europa, originando os Pirenéus, o que faz desaparecer toda a parte Sul do golfo da Biscaia. Este relevo tipifica a formação de cadeias intracontinentais.

Neogénico

O início do Neogénico é marcado por um movimento transgressivo que teve origem no Miocénico e que atingiu o litoral do País a sul das Azenhas do Mar.

Esta transgressão está bem representada pelos depósitos de fácies marinha. Os depósitos referidos, que resultaram do mar ter invadido, principalmente, áreas extensas ao longo do Tejo e do Sado, compreendem calcários e argilas com intercalações de arenitos. Estas rochas contêm abundantes fósseis marinhos (lamelibrânquios e gasterópodes), ossos e dentes de vertebrados terrestres, o que indica a proximidade da costa.

Durante o Miocénico deu-se novo movimento regressivo a que se seguiu uma transgressão em que o mar invadiu algumas áreas costeiras e os antigos golfos miocénicos do Tejo e do Sado no início do Pliocénico.

O Pliocénico está representado, por espessa formação de areias e argilas que podem conter fósseis marinhos. Após recuo do mar, no decurso do Pliocénico, que originou depósitos detríticos e continentais onde existem camadas de lignito e dia-tomito, deu-se nova transgressão. Dela restam extensos depósitos ligados asuperfícies regulares que se encontram de norte a sul do País, podendo atingir altitudes de 200 m; por seu lado, ao longo da linha de costa, notam-se arribas fósseis situadas um pouco para o interior das actuais escarpas marinhas.

Quaternário

Os tempos quaternários iniciaram-se com um movimento regressivo que não foi contínuo, pois teve várias paragens. Trata-se de um movimento complexo em virtude de se ter realizado com avanços e recuos sucessivos das águas, alternando com paragens, o que deu origem a depósitos e praias antigas ou terraços marinhos, dispostos em degraus que descem até à linha actual de costa.

Concomitantemente com esta edificação ao longo do litoral (depósitos e praias antigas ou terraços marinhos), l nos rios originaram-se depósitos de terraços fluviais.

Quer os depósitos marinhos, quer os depósitos continentais referidos, contêm fósseis de moluscos, ossos de vertebrados, folhas, caules, sementes, etc.

As glaciações, que tiveram lugar em diferentes fases, constituem uma característica do Quaternário.

Em Portugal encontram-se vestígios, principalmente na Serra da Estrela, da última fase glaciária (glaciação de Würm).

A última regressão integrada na série de oscilações do nível do mar, nos tempos quaternários, foi contemporânea da glaciação de Würm. Com esta regressão, o nível do mar baixou acentuadamente, talvez cerca de 150 a 200 m, o que provocou que os rios escavassem profundamente os seus leitos.

Após a glaciação de Würm o mar voltou a avançar — transgressão flandriana. Esse movimento prossegue na actualidade e tem tido como consequência importante o assoreamento da foz de alguns rios portugueses e a destruição de construções humanas junto de algumas praias (Costa da Caparica, por exemplo).