L'hommage unanime
Son décès fut annoncé au Sénat dès l'ouverture de la séance le 27 février 1890. Ses obsèques eurent lieu à Versailles le 3 mars 1890 au cimetière de la paroisse Saint Louis.
Les discours furent prononcés par Fréderic Passy au nom de l'Académie des Sciences morales et politiques, M. Boudier, préfet de l'Yonne, au nom de ce département, A Perrin, maire de Sens , au nom de sa ville natale et M. Lesbazeilles, ami de la famille, gendre d'Emile Souvestre et collaborateur d'Edouard Charton.
Sa ville natale Sens avait déjà donné son nom à la rue qui l'avait vu naître. Versailles lui rendra hommage en baptisant la rue où il avait vécu rue Edouard Charton et en plaçant ce buste dans le hall du nouvel hôtel de ville.
Il s'agit d'un plâtre de Chapu dont un autre exemplaire est au musée de Sens et le marbre au Musée du Domaine de Chantilly, qui possède une collection de bustes en marbres de membres de l'Institut.
L'hommage au sein de cette institution fut rendu par Paul de Rémusat son successeur et par Jules Simon
L'article publié dans la revue Le Tour du Monde, avait ete rédigé par son gendre Paul Laffitte. Il était illustré d'un portrait, d'après photographie de Vuillier
Le Musée universel (Ernest Legouvé), L'Illustration ... publient des notices nécrologiques, mais il faut attendre 1893 pour que le Magasin pittoresque qu'il avait quitté en 1889 lui rende hommage sous la plume de Jules Simon.
Gaston Tissandier dans La Nature et Camille Flammarion dans le Bulletin de la Société d'astronomie populaire évoquent le souvenir de celui qui leur avait montré la voie de la vulgarisation.
