Iulen Madariaga Agirre werd op 11 oktober 1932 in Bilbo-Bilbao geboren, in een familie van overtuigde en vastberaden abertzales. Als gevolg van de Spaanse Burgeroorlog (La Campaña del Norte: de strijd op Baskisch grondgebied in 1936-37) emigreerde de familie naar Chili. Later nam Madariaga daar de Chileense nationaliteit aan. 

In 1946 keerde Madariaga terug naar Bilbo-Bilbao en een paar jaar later (nadat de politie jacht op hem maakte en hem een eerste maal arresteerde), verhuisde hij naar Groot-Brittannië waar hij zich specialiseerde in Internationaal Recht aan de Universiteit van Cambridge.
 
Samen met een aantal studenten (uit Biskaia en Gipuzkoa) van de Jezuïetenuniversiteit in Deusto, richtte hij de organisatie EKIN (actie) op. In tegenstelling tot het traditioneel Baskisch nationalisme was Ekin heel wat radicaler. De verstandhouding tussen Ekin en PNV bereikte hierdoor al vlug een dieptepunt, en eind 1958 was de breuk onherstelbaar geworden. In 1959, na de samenwerking EKIN-EGI (EGI was de jeugdorganisatie van de PNV) werd ETA opgericht. De advocaat Iulen Madariaga was één van de stichters en één van de eerste leiders van ETA. 

De jaren 1963-64 waren gekenmerkt door een aaneenschakeling van razzia’s tegen ETA, en uit die noodsituatie werd beslist om Madariaga uitzonderlijk te benoemen tot “Buruzagi” (enige leider), met alle volmachten voor een periode van 6 maanden. Dit feit is uniek in de geschiedenis van de organisatie. Hij zag zich, wegens de noodsituatie, verplicht uit te wijken naar Iparralde, waar de Franse regering hem verbood zich te vestigen in de 12 departementen die het dichtst bij de Spaanse grens lagen. In 1964 probeert hij, samen met o.a. de broers Isidro en Telesforo Monzón, een Frente Nacional Vasco (een Baskisch front) op te richten, wat mislukte door de afwijzende houding van de PNV.  Eind 1964 werd een uitwijzingsbevel tegen hem uitgevaardigd en bij een veroordeling in Bayonne, begin 1965, vluchtte hij, samen met Irigarai, naar Algerije waar hij juridisch adviseur werd van de onderneming SEMPAC (tweede belangrijkste bedrijf van Algerije).

In 1966 verplaatste hij zich naar Vlaanderen (intussen had hij 6 maanden vastgezeten in de gevangenis van Gradignan (Bordeaux). Tussen 1968 en 1970 was hij professor aan de Hogeschool voor Vertaler-Tolk te Gent. 

Eind 1969 werd hij in beschuldiging gesteld wegens rebellie en op het proces van Burgos, bij verstek, veroordeeld tot levenslang. In 1971 onderneemt hij een nieuwe poging om zich in Iparralde te vestigen, maar op 31 augustus     van dat jaar wordt hij nogmaals uitgewezen. Op 27 oktober, nog altijd in datzelfde jaar, wordt  hij gearresteerd. Samen met nog 45 personen, waaronder ook Telesforo Monzón, hield hij een hongerstaking  in de kathedraal van Bayonne om zich te verzetten tegen zijn opsluiting in het bijzonder en tegen de heksenjacht in het algemeen. In een spectaculaire operatie gebruikte de inlichtingendienst “Compañías Republicanas de Seguridad” voor de eerste maal traangasgranaten die in de kathedraal werden afgevuurd.Drie maanden na zijn arrestatie en opsluiting, eerst in Bayonne, daarna in Fresnes (Parijs), wordt hij andermaal verbannen. In februari 1972 gaat hij in Chili wonen, waar hij staatsburger is, maar datzelfde jaar nog keert hij, via Brussel, terug naar Europa. In 1977 reist hij legaal naar Bilbao, gebruik makend van het democratiseringsproces in de overgangsperiode (La Transiciόn) na de dood van Franco. Maar al vlug vestigt hij zich opnieuw in Iparralde, waar hij op 12 maart 1986 de Franse nationaliteit verwerft. In Biarritz leidt hij de onderneming ATURRI, die zich bezighield met de fabricatie van ventielen voor de productie van koolwaterstof. In mei 1988 is hij aanwezig te Barcelona bij de voorstelling van het boek: “Artapalo. ETA después de Txomin” (Artapalo is een sleutelwoord, gebruikt door ETA in de jaren  1986-92, die eigenlijk de benaming was voor de topleiders die in Bidart opgepakt werden: Golpe de Bidart). Zijn verklaringen maken ophef, want hij zet Felipe González en zijn ploeg voor schut.     
Op 12 maart 1988 wordt hij gearresteerd door de Franse politie in de zaak “Sokoa” (een meubelzaak waar heel veel wapens en bezwarende documenten werden gevonden in december 1986), maar werd na verklaringen nog dezelfde dag vrijgelaten. Twee maanden later, op 31 mei 1988, wordt hij in Biarritz gearresteerd, op last van de Franse magistraat Legrand, die onder druk gezet werd door Felipe González en Alfonso Guerra. Hij wordt beschuldigd van “samenwerking met ETA”, maar er wordt geen enkel bewijs gevonden. Op 12 juli 1988 wordt een  kelder ontdekt in zijn huis, waar onderdelen voor machines stonden (om  wapens te maken werd verondersteld door de speurders). Madariaga heeft dit altijd ontkent, omdat het een onderdeel van "drukmachine" was. Er werden ook magneten gevonden in een onderneming die zijn eigendom was. De speurders hadden binnen de korst mogelijke tijd het verband gelegd met “aanmaken van bommen” en “deelname aan de gewapende strijd”. Harde bewijzen? Met een snelkoker kan je ook een bom maken… Hij werd op 31 juli 1989 tot 4 jaar opsluiting veroordeeld met het verbod gedurende 10 jaar te wonen en te werken in Iparralde. In beroep, op 21 november 1989, werd de strafmaat behouden, maar het verbod op woonst en werk werd teruggebracht tot 5 jaar. Dit vonnis werd nog eens bevestigd voor Hooggerechtshof op 20 juli 1990. Tijdens die opsluiting verdronk een kind van hem in een zwembad bij kennissen. Hij mocht niet naar de begrafenis. Hij stuurde verscheidene brieven naar president Mitterrand om de levensomstandigheden in de gevangenis aan te klagen. Na gevangenisverblijf in Fresnes en nadien in Bois d’Arcy (allebei omgeving Parijs), werd hij op 14 augustus 1991 vrijgelaten op voorwaarde dat hij de 17 grensdepartementen in Frankrijk niet zou betreden (verworpen bij het Hof van Beroep te Parijs, waar hij zichzelf verdedigde, in 1992). Hij vestigde zich in Bilbo-Bilbao, waar hij zijn beroep als advocaat kon uitoefenen. In april 1992 werd hij door de basis (niet de koepel) van Herri Batasuna voorgedragen om deel uit maken van de Mesa Nacional (het bestuur). Niettegenstaande een heel hoog percentage van 17% van de stemmen voor hem alleen, werd hij niet verkozen. Er was sprake van onregelmatigheden. Hij werd ook militant van de vredesbeweging (op basis van dialoog) ELKARRI. In die periode gaf hij meer en meer kritiek op de harde kernen van ETA en KAS (ondanks oppositie binnen KAS, was hij voorstander van een staakt-het-vuren). Na de moord op PP-gemeenteraadslid, Gregorio Ordóñez (Gipuzkoa) op 24 januari 1995 kondigde hij, op 1 februari 1995, zijn ontslag aan bij de politieke partij Herri Batasuna.

Sedert 1988, en in alle hevigheid vanaf 1995, heeft Madariaga onverdroten geijverd voor de demilitarisering van het conflict en voor onmiddellijke politieke onderhandelingen. In 2001 was  hij medeoprichter van de nieuwe politieke partij ARALAR. Nu leeft hij teruggetrokken in Iparralde, in Senpere (Saint-Pée sur Nivelle).
Op 20 juni 2006 wordt Iulen Madariaga (intussen 73 jaar) nogmaals gearresteerd, in Senpere, bij een gezamenlijke Frans-Spaanse politieactie, met als doel de ontmanteling van het vermoedelijke financiële netwerk van ETA. Samen met hem werden nog 11 "verdachten" aangehouden. Op 24 juni 2006 wordt Madariaga vrijgelaten, maar  hij blijft onder toezicht van de gerechterlijke autoriteiten.