Andrea Rueda-Olarte

Doctora en Ingeniería - Sistemas y Computación, Universidad Nacional de Colombia, 2013.

Magister en Ingeniería - Sistemas y Computación, Universidad Nacional de Colombia, 2008.

Ingeniera de Sistemas, Universidad Nacional de Colombia, 2006.

Experiencia 

En la actualidad me desempeño como Profesora Asociada en el Departamento de Ingeniería de Sistemas de la Pontificia Universidad Javeriana. Realizo labores de docencia principalmente en la carrera de Ingeniería de Sistemas y en las Maestrías en Bioingeniería e Ingeniería de Sistemas y Computación.

Entre Febrero de 2006 y Septiembre de 2008 trabajé como Ingeniera de Soporte en el Centro de Telemedicina de la Universidad Nacional de Colombia. Allí realicé labores de soporte técnico a los procesos asociados a la prestación del servicio de Telemedicina, trabajé en el desarrollo de un Sistema de Información y desempeñé otras actividades de administración y soporte de servidores, redes y videoconferencia.

Luego, entre Agosto de 2012 y Agosto de 2013 trabajé nuevamente en el Centro como Consultora en Sistemas, realizando labores de apoyo en la gestión y desarrollo de los proyectos de extensión del Centro de Telemedicina.

Investigación

Pertenezco al grupo de investigación Bioingeniería, Análisis de Señales y Procesamiento de Imágenes BASPI (clasificado A por Colciencias), en el cual desarrollo los proyectos de grado de estudiantes de pregrado en Ingeniería de Sistemas, de la Maestría en Ingeniería de Sistemas y Computación y del Doctorado en Ingeniería.

Así mismo, pertenecí al Computer Imaging and Medical Applications Laboratory CIM@LAB (clasificado A1 por Colciencias), en el cual desarrollé mi proyecto de Tesis de Maestría, titulado "Deformaciones no-Paramétricas 3D Aplicadas a la Morfometría de Estructuras Anatómicas", y mi proyecto de Tesis de Doctorado, titulado "Visual Attention Models and Sparse Representations for Morphometrical Image Analysis" (Modelos de Atención Visual y Representaciones Dispersas para el Análisis Morfométrico de Imágenes), bajo la dirección del profesor Eduardo Romero, Ph.D.

Como parte de mi formación doctoral, he visitado:

• The Australian e-Health Research Centre, división de CSIRO ICT Centre, Brisbane, Australia (septiembre de 2008 a marzo de 2009). Trabajé en la implementación de operadores topológicos para la corrección de las segmentaciones de los tejidos cerebrales.

• Laboratorio de Análisis de Imagen Médica y Biometría, Universidad Rey Juan Carlos, Madrid, España (enero a julio de 2011). Trabajé en el marco del proyecto NeuroBin: biomarcadores de neuroimagen en enfermedades neurodegenerativas.

Publicaciones

Revistas indexadas

• Andrea Rueda y Eduardo Romero, Morfometría de Superficies Complejas Usando Deformaciones no-Paramétricas. Revista MED, Volumen 15, No. 1, Enero de 2007. Pág 110-121.

• Andrea Rueda, Oscar Acosta, Michel Couprie, Pierrick Bourgeat, Jurgen Fripp, Nicholas Dowson, Eduardo Romero y Olivier Salvado. Topology-corrected segmentation and local intensity estimates for improved partial volume classification of brain cortex in MRI. Journal of Neuroscience Methods, Vol. 188 (2), Pág 305-315, 2010.

• Gerardo Tibamoso, Andrea Rueda y Eduardo Romero. Segmentación Semiautomática del Volumen del Hígado en Imágenes de Tomografía Computarizada. Acta Biológica Colombiana, Volumen 15, No. 3, 2010.

• Oscar Acosta, Jurgen Fripp, Vincent Dore, Pierrick Bourgeat, Jean-Marie Favreau, Gaël Chételat, Andrea Rueda, Victor L. Villemagne, Cassandra Szoeke, David Ames, Kathryn A. Ellis, Ralph N. Martins, Colin L. Masters, Christopher C. Rowe, Erik Bonner, Florence Gris, Di Xiao, Parnesh Raniga, Vincent Barra, Olivier Salvado. Cortical surface mapping using topology correction, partial flattening and 3D shape context-based non-rigid registration for use in quantifying atrophy in Alzheimer's disease. Journal of Neuroscience Methods, Vol. 205 (1), Pág. 96–109, 2012.

• Andrea Rueda, Norberto Malpica, Eduardo Romero. Single-image Super-Resolution of Brain MR Images using Overcomplete Dictionaries. Medical Image Analysis, Vol. 17 (1), Pag. 113–132, 2013.

• Andrea Rueda, Fabio A. González, Eduardo Romero. Saliency-based Characterization of Group Differences for Magnetic Resonance Disease Classification. Revista DYNA, Ed. 178, Pag. 21-28, 2013.

• Andrea Rueda, Fabio A. González, Eduardo Romero. Extracting Salient Brain Patterns for Imaging-Based Classification of Neurodegenerative Diseases. IEEE Transactions on Medical Imaging, Vol. 33 (6), Pag. 1262-1274, 2014.

• Nelson F. Velasco, Andrea Rueda, Cristina Santa Marta, Eduardo Romero. A sparse Bayesian representation for super-resolution of cardiac MR images. Magnetic Resonance Imaging, Vol. 36, Pag. 77-85, 2017.

• P. Reyes, M. P. Ortega-Merchan, A. Rueda, F. Uriza, Hernando Santamaria-García, N. Rojas-Serrano, J. Rodriguez-Santos, M. C. Velasco-Leon, J. D. Rodriguez-Parra, D. E. Mora-Diaz, and D. Matallana. Functional Connectivity Changes in Behavioral, Semantic, and Nonfluent Variants of Frontotemporal Dementia. Behavioural Neurology, Volume 2018, Article ID 9684129, 2018.

• Andrea del Pilar Rueda O., Luis Fernando Enríquez S. Una revisión de técnicas básicas de neuroimagen para el diagnóstico de enfermedades neurodegenerativas. Revista Biosalud, Vol. 17 (2), Pag. 59-90, 2018.

• Pablo Alexander Reyes, Andrea del Pilar Rueda, Felipe Uriza, Diana L. Matallana. Networks Disrupted in Linguistic Variants of Frontotemporal Dementia. Frontiers in Neurology, 2019.

• Luis Fernando Enriquez Santacruz, Pablo Alexander Reyes, Andrea del Pilar Rueda. Análisis de conectividad estructural cerebral en demencia frontotemporal, a partir de imágenes de resonancia de difusión. Revista Ingeniería Biomédica, Vol. 13 (25), pag. 35-51, 2019.

• Randy Darrell Lancheros-Molano, Juan Sebastián Triana-Perez, Juan Felipe Castañeda-Chaparro, Felipe Andrés Gutiérrez-Naranjo, Andrea del Pilar Rueda-Olarte. Separación de fuentes auditivas para pedagogía musical. Revista Colombiana de Computación, Vol. 22 (1), pp. 22-33, 2021.

Memorias de eventos científicos

• César Sánchez, Andrea Rueda y Eduardo Romero, A Granular Prototype for Telemedicine Based on HL7 Information Model. II Congreso Colombiano de Computación, Abril 18 al 20 de 2007.

• Andrea Rueda, Álvaro Perea, Daniel Rodríguez-Pérez y Eduardo Romero. Método de Deformación para Representaciones Suavizadas de Superficies Neuroanatómicas. Cuarto Seminario de Ingeniería Biomédica, Universidad de los Andes, Noviembre 8 y 9 de 2007. 

• Andrea Rueda, Álvaro Perea, Daniel Rodríguez-Pérez, y Eduardo Romero. A fast mesh deformation method for neuroanatomical surface inflated representations. Memorias del IEEE Pacific-Rim Symposium on Image and Video Technology, Lecture Notes in Computer Science Series, Springer-Verlag. Vol. 4872, Pág 75-86. 2007. 

• Andrea Rueda, Oscar Acosta, Pierrick Bourgeat, Jurgen Fripp, Erik Bonner, Nicholas Dowson, Michel Couprie, Eduardo Romero y Olivier Salvado. Partial volume estimation of brain cortex from MRI using topology-corrected segmentation. Memorias del IEEE International Symposium on Biomedical Imaging: From Nano to Macro, ISBI 2009. Pág 133-136. 2009. 

• Gerardo Tibamoso, Andrea Rueda y Eduardo Romero. Segmentación Semiautomática del Volumen del Hígado en Imágenes de TAC. Quinto Seminario de Ingeniería Biomédica y Quinto Seminario Internacional de Procesamiento y Análisis de Imágenes Médicas, Noviembre 26 y 27 de 2009.

• Oscar Acosta, Jurgen Fripp, Andrea Rueda, Di Xiao, Erik Bonner, Pierrick Bourgeat y Olivier Salvado. 3D Shape Context Surface Registration For Cortical Mapping. Memorias del IEEE International Symposium on Biomedical Imaging: From Nano to Macro, ISBI 2010.

• Andrea Rueda y Eduardo Romero. Super-Resolution of Brain MR Images based on Sparse Representations. Interdisciplinary Workshop on Sparsity and Modern Mathematical Methods for High Dimensional Data (Vrije Universiteit Brussel, Bruselas, Abril 6 al 10, 2010).

• Andrea Rueda, Gloria Díaz y Eduardo Romero. Learning compact dictionaries for brain MR image super-resolution. VI Seminario Internacional de Procesamiento y Análisis de Imágenes Médicas SIPAIM 2010, Diciembre 1 - 4, 2010.

• Fabián Narváez, Andrea Rueda y Eduardo Romero. Breast masses classification using a sparse representation. Workshop in Medical Image Analysis and Description for Diagnosis Systems MIAD 2011 (Roma, Italia. Enero 28 y 29, 2011).

• Andrea Rueda, Katherine Baquero y Eduardo Romero. Saliency-based Characterization of Group Differences for MR Disease Classification. VII Seminario Internacional de Procesamiento y Análisis de Información Médica -SIPAIM 2011. Diciembre 5-7 de 2011. Bucaramanga, Colombia.

• Nelson Velasco, Andrea Rueda, Eduardo Romero.Combinación de proyecciones no ortogonales de imágenes de RM cardíaca. VII Seminario Internacional de Procesamiento y Análisis de Información Médica -SIPAIM 2011. Diciembre 5-7 de 2011. Bucaramanga, Colombia.

• Andrea Rueda, John Arevalo, Angel Cruz, Eduardo Romero, Fabio A. González. Bag of Features for Automatic Classification of Alzheimer’s Disease in Magnetic Resonance Images. Memorias del Congreso Iberoamericano en Reconocimiento de Patrones, CIARP 2012. Septiembre 3-6 de 2012. Buenos Aires, Argentina.

• Carlos Vargas, Andrea Rueda, Eduardo Romero. Image Super-Resolution of Cytology Images Using Multi-scale Patch Search and Global Statistical Measurements. VIII Seminario Internacional de Procesamiento y Análisis de Información Médica - SIPAIM 2012. Noviembre 12-15 de 2012, San Cristóbal, Venezuela.

• Nelson Velasco, Andrea Rueda, Cristina Santa Marta, Eduardo Romero. Estimación por Máxima Verosimilitud para Super-Resolución en Imágenes de Resonancia Magnética Cardíaca. VIII Seminario Internacional de Procesamiento y Análisis de Información Médica - SIPAIM 2012. Noviembre 12-15 de 2012, San Cristóbal, Venezuela.

• Andrea Pulido, Andrea Rueda, Eduardo Romero. Classification of Alzheimer's Disease using Regional Saliency Maps from Brain MR Images. VIII Seminario Internacional de Procesamiento y Análisis de Información Médica - SIPAIM 2012. Noviembre 12-15 de 2012, San Cristóbal, Venezuela.

• Nelson Velasco, Andrea Rueda, Cristina Santa Marta, Eduardo Romero. Super-resolution in cardiac MRI using a Bayesian approach. SPIE Medical Imaging 2013. Febrero 9-14 de 2013. Lake Buena Vista, Florida, USA.

• Andrea Pulido, Andrea Rueda, Eduardo Romero. Classification of Alzheimer's disease using regional saliency maps from brain MR volumes. SPIE Medical Imaging 2013. Febrero 9-14 de 2013. Lake Buena Vista, Florida, USA.

• Ricardo Gutiérrez, Andrea Rueda, Eduardo Romero. Learning semantic histopathological representation for basal cell carcinoma classification. SPIE Medical Imaging 2013. Febrero 9-14 de 2013. Lake Buena Vista, Florida, USA.

• Andrea Pulido, Andrea Rueda, Norberto Malpica, Eduardo Romero. Discovering Regional Pathological Patterns in Brain MRI. International Workshop on Pattern Recognition in NeuroImaging - PRNI 2013. Junio 22-24 de 2013. Philadelphia, Pennsylvania, USA.

• Andrea Pulido, Andrea Rueda, Eduardo Romero. Extracting Regional Brain Patterns for Classification of Neurodegenerative Diseases. IX Seminario Internacional de Procesamiento y Análisis de Información Médica - SIPAIM 2013. Noviembre 11-14 de 2013, México D.F. México.

• Jonathan Tarquino, Andrea Rueda, Eduardo Romero. A Multiscale/sparse Representation for Diffusion Weighted Imaging (DWI) Super-Resolution. Memorias del IEEE International Symposium on Biomedical Imaging - ISBI 2014. Abril 29 a Mayo 2 de 2014. Beijing, China.

• Jonathan Tarquino, Andrea Rueda, Eduardo Romero. Shearlet-based Sparse representation for Super-resolution in Diffusion Weighted Imaging (DWI). Memorias del IEEE International Conference on Image Processing – ICIP 2014. Octubre 27-30 de 2014. París, Francia.

• P. Reyes, F. Uriza, H. Santamaria, A. Rueda, A. Ibañez, D. Matallana. Multimodal Neuroimaging Analysis (Ttractography, Volumetry and Functional) in a Series of TBI Patients with Neuropsychiatric Sequelae. Memorias del XXII World Congress of Neurology 2015. Octubre 31 a Noviembre 5 de 2015. Santiago, Chile.

• Andrea Rueda. Magnetic Resonance brain tissue segmentation based on sparse representations. Memorias del XI International Symposium on Medical Information Processing and Analysis – SIPAIM 2015. Noviembre 17-19 de 2015. Cuenca, Ecuador.

• Julián Camilo Daza, Andrea Rueda. Classification of Alzheimer's disease in MRI using visual saliency information. Memorias del XI Congreso Colombiano de Computación - CCC 2016. Septiembre 27-30 de 2016. Popayán, Colombia.

• Moreno, Alejandra, Andrea Rueda, Fabio Martinez. A Multi-Scale Self-Attention Network to Discriminate Pulmonary Nodules. Memorias del IEEE 19th International Symposium on Biomedical Imaging - ISBI 2022. Marzo 28-31 de 2022. Kolkata, India.

• Alejandra Moreno, Andrea Rueda, Fabio Martinez. A volumetric multi-head attention strategy for lung nodule classification in CT. Memorias de SPIE Medical Imaging 2023, 19-24 Febrero 2023. San Diego, California, United States.

• Fernández Becerra, S., Olarte Vargas, F.A., Rosero Quenguan, J.M., Vásquez Rendón, A.F., Rueda-Olarte, A. (2024). Automatic Translation of Text and Audio to Colombian Sign Language.  Advances in Computing (Memorias del 17 CCC 2023) Communications in Computer and Information Science, vol 1924. Springer, Cham.