En los peces se presenta una secreción incrementada de mucosa y la destrucción del epitelio branquial (agallas). Esto conduce a la muerte por asfixia. Adicionalmente, la intoxicación con plomo produce anemia. Por lo tanto, no debe haber partes metálicas en contacto con el agua.

El Cloro es una substancia muy tóxica. 0,1 mg/l normalmente ya es mortal. El Cloro ataca las agallas, lo cual conduce a su palidecimiento y destrucción (muerte por asfixia). El cloro puede ser removido en su mayoría hirviendo el agua. Agua fuertemente clorinada puede ser neutralizada con thiosulfato de sodio. El primer método es menos agresivo.

Estos compuestos orgánicos son toxinas para el sistema nervioso. Adicionalmente dañan los epitelios branquiales, intestinales y dérmicos. A través del sistema circulatorio el hígado, la musculatura y los ovarios son envenenados. Envenenamientos por fenol son de importancia secundaria para el aficionado, aunque usualmente son incurables.

El ácido sulfhidrico es un gas que huele a huevos podridos y es considerado como uno de los venenos más fuertes que en cantidades mínimas conduce a la muerte. El ácido sulfhídrico es producido en el acuario por focos de putrefacción en el fondo. Los primeros indicios para la formación de lodo podrido incluyen un incrementado crecimiento de algas. A su vez, el ácido sulfhídrico se combina con el hierro de la hemoglobina y por lo tanto bloquea el transporte de oxígeno por la hemoglobina. Con la intoxicación por ácido sulfhídrico los peces muestran agallas púrpuras y problemas en la respiración (respiración cerca a la superficie del agua). La formación de este ácido puede ser evitada usando grava gruesa y limpiando el fondo con frecuencia.

Estos compuestos reducen la tensión superficial del agua. Los detergentes destruyen la mucosa que cubre todo el cuerpo de los peces, inhiben los intercambios a nivel branquial y destruyen los glóbulos rojos. Por esta razón, nunca se deben usar detergentes o jabones para limpiar el acuario o su equipo.

En todos los acuarios se encuentran compuestos de nitrógeno. Siempre se originan donde hay metabolismo de proteínas (por ej., metabolismos de peces, plantas y restos de alimentos en descomposición). Los compuestos nitrogenados más importantes y frecuentemente presentes en el acuario son el amoníaco (NH3), el amonio (NH4+), el nitrito (NO2-), metabolizados en la presencia de oxígeno (a excepción del nitrato). Deficiencias de oxígeno entorpecen su remoción, lo que causa un incremento de amoníaco a un nivel altamente tóxico. La dosis letal de amoníaco es de 0,2 mg/l, la de nitrito 1 mg/l y la de nitrato 200 a 300 mg/l. Los daños ocasionados por compuestos de nitrógeno pueden conducir a la muerte de los peces. Los efectos tóxicos de amoníaco son directamente influenciados por el pH. Valores alcalinos del agua favorecen su formación.
Las concentraciones de los compuestos nitrogenados mencionados arriba, Hoy en día pueden fácilmente ser determinados con métodos de análisis (por ej., de Tetra) y entonces ser corregidos. Adicionalmente es importante que los acuarios sean bien aireados (aceleración de la remoción de nitrógeno). El control regular del pH y oxígeno es recomendado. Adicionalmente, los peces sólo deben recibir tanto alimento como puedan comer sin dejar sobras.