L'APAT est dirigée par un conseil d'administration élus pour six ans par l'Assemblée Générale. Le Conseil choisit, parmi ses membres, au scrutin secret, un bureau en charge de la gestion opérationnelle de l'Association.

Suite à l'Assemblé Générale du 13 février 2008, le bureau se compose comme suit :

• Sylvain Masiéro - Président
  
  
• Philippe Lépinay - Conseiller du Président en charge de la stratégie, Président d'Honneur de l'APAT et Administrateur de Thales représentant les actionnaires salariés
  
  
• Jean-Claude Mothié - Vice-Président en charge de l'actionnariat salarié
  
  
• Sylvie Lucot - Vice-Président en charge des relations avec les organisations représentatives
  
  
• Dominique Lamoureux - Vice-Président en charge des questions d'éthique
  et d'intelligence collective
  
  
• Roland Andrieu : Trésorier, Directeur administratif & financier
  
  
• Pascal Boury : Secrétaire Général
  
  
• Johann Touanen : Secrétaire Général Adjoint
  
  
• Emmanuel Bloch : Conseiller en charge de la communication
  
  
• Laurent de La Burgade - Conseiller en charge des relations institutionnelles
  
  
• Alain Ouméddour - Conseiller en charge de la formation
  
  
• Xavier Leroux - Conseiller en charge des questions d'éthique et de RSE