A lo largo de año 1408 debió quedar terminada la obra de ladrillo del cimborrio.  ya que el 26 de febrero de 1409 el maestro Mahoma Rami tomaba a destajo la decoración del mismo  Las nuevas obras pudieron ser vistas por Benedicto XIII en su visita a la ciudad de Zaragoza en 1410. El cimborrio, que al exterior adoptaba la forma de tiara pontificia, ya amenazaba ruina en 1417 y fue sustituido hacia 1520 por la actual construcción.

La  llegada a la sede cesaraugustana de don Dalmau de Mur  y Cervelló (1431-1456), quien llegó a Zaragoza después de haber ocupado la sede de Tarragona, supuso una nueva y brillante etapa en la historia de la catedral de Zaragoza. Su actuación se centró en el interior del templo, destacándose, como se podrá ver en la página correspondiente a esta parte de la catedral, la construcción del nuevo Retablo Mayor, el coro y otras actuaciones de menor importancia.

A la muerte de don Dalmau de  Mur  le sucedió  don Juan I de Aragón (1458-1475). quien continuó la política de su predecesor como mecenas de importantes obras en la catedral..Se renovaron varias capillas, se construyó un nuevo órgano y se emprendieron nuevas actuaciones para sustituir las tres escenas principales del Retablo Mayor, taladas en madera por otras de alabastro policromado.

La catedral del Salvador, durante el mandato de los arzobispos de la Casa Real, fue trasformada en una espaciosa y esbelta Iglesia de planta salón . Fue  don Alonso II de Aragón (1478-1520), hijo natural del rey Femando el Católico, quien puso en marcha el nuevo proyecto de trasformación. El plan contemplaba ampliar la catedral de tres naves en otra de cinco, añadiendo una nave a cada lado. El proyecto tuvo que replantearse cuando en 1498, aparecieron problemas en la estructura del cimborrio. Entre los años 1505 y 1520 se construyó el nuevo cimborrio al hundirse el anterior. Fue el maestro Juan Botero quien dejó un bellísimo cimborrio , a base de una bella estrella de ocho puntas. Superadas estas dificultades, las obras fueron terminadas  por su hijo y sucesor don Juan II de Aragón ( 1520 - 1531 ).

Durante el arzobispado de don Hernando de Aragón (1539-1575), miembro también de la Casa Real y de Aragón. se proyectó  la ampliación del templo, mandando construir al maestro Charles de Mendibe dos tramos en los pies, en cada una de las cinco naves , con sus correspondientes capillas laterales, dos a cada lado y otras cuatro capillas más situadas en el hastial del templo. Merecen especial mención las capillas de San Benito y San Bernardo, como homenaje al fundador de la Orden Benedictina y al reformador del Cister. La capilla de San Bernardo  sería destinada  a capilla funeraria del mismo don Hernando y de su madre  doña Ana de Guerra.

Durante el arzobispado de don Antonio Ibañez de la Riva Herrera ( 1687 - 1710 ) se llevaron a cabo las obras de construcción de la nueva Torre caatedralicia cuya primera piedra se había colocado en julio de 1681, siendo arzobispo don Diego de Castrillo. Las obras se encargaron a los maestros aragoneses Pedro Cuieo, Gaspar Serrano y Jaime Borbón . Finalizaron en 1704 con la colocación del chapitel de plomo que la corona Las obras de embellecimiento de la torre se realizaron durante el arzobispado de don Agustín de Lezo y Palomeque entre los años 1787 al 1790.

 En tiempos del arzobispo don Francisco Ignacio de Añoa y Bustos ( 1742 - 1764 ) se procedió a la construcción de la nueva fachada principal del templo. El proyecto fue presentado al Cabildo en 1763 y las obras tuvieron inicio en 1764. . Esta es, sin duda la última obras de importancia realizada en la catedral hasta los recientes trabajos de restauración, realizados  durante  casi veinte años , del 1980 al 1998. 

Con esta restauración, durante el arzobispado de don Elías Yánez Álvarez,  se ha consolidado el edificio y atajado el mal, que por lo endeble de los materiales utilizados, amenazaba a los esbeltos pilares  En la dirección y proyectos de estas últimas actuaciones intervinieron los arquitectos Ángel Peropadre Muiese ( 1980 - 1988), Ignacio Gracia Bernal ( 1989 - 1991) y el equipo formado por Luis Franco Lahoz y Mariano Pemán Gavín ( 1992 - 1998 ). 

El día 11 de  noviembre de 1998, con la presencia de Sus Majestades los Reyes de España, don Juan Carlos y doña Sofía. se inauguraba solemnemente la Catedral.