Criada a Escola em 1968 pela Portaria 23.600 de 9 de Set. com a designação de "Escola Preparatória de Pêro da Covilhã", chegou a leccionar o 7º ano unificado em 1986/87; pela Portaria 560-A/97 a Escola passou a E.B. 2/3 Pêro da Covilhã, tendo no ano seguinte voltado pela Portaria 549/98, de 19 de Agosto, a designar-se "Escola Básica 2 Pêro da Covilhã".

Iniciou as aulas a 21 de Outubro de 1968, funcionando numa casa particular na Rua dos Combatentes, cedida gratuitamente para o efeito e funciona nas actuais instalações desde 1979.

Teve como seu primeiro director o senhor Dr. Álvaro Moniz Rebelo, professor do Quadro da Escola Secundária Frei Heitor Pinto.

A escolha do seu patrono teve em consideração as sugestões das autoridades locais. Pêro da Covilhã foi um emissário do Rei D. João II encarregado de, por terra, fazer o reconhecimento das costas do Médio Oriente. Viajante experiente, enviou a D. João II relatórios sobre a navegação nas costas do Índico, contribuindo deste modo para o sucesso da viagem de Vasco da Gama, em 1498, até Calecut, na Índia. Sofala, Goa e Ormuz são algumas das terras que explorou e viveu na Etiópia até ao fim da vida.

A Escola Básica 2 Pêro da Covilhã fica localizada na freguesia de St. Maria, concelho da Covilhã.