Existen muchas metodologías de desarrollo de la Agenda 21 Local, pero básicamente todas identifican tres etapas en el proceso:

1. Diagnóstico integral del municipio: Se trata de conocer los problemas ambientales, sociales y económicos del municipio y sus posibles causas. El diagnóstico lo suele elaborar un equipo de técnicos a partir de la información que aporte el ayuntamiento y los vecino/as del lugar.
2. Elaboración del plan de acción local: Una vez detectados los problemas y carencias, se trata de buscar soluciones sostenibles que sean técnica y económicamente viables. Esta la fase que requiere más participación ciudadana a la hora de priorizar problemas, aportar propuestas, debatirlas y aprobarlas.
3. Implantación del plan de acción y evaluación: Tras aprobar el plan de acción los ciudadano/as junto al ayuntamiento deben poner en práctica las acciones recogidas en el plan de acción y evaluar el grado de cumplimiento de las mismas periódicamente. Esta evaluación puede servir a su vez para descubrir nuevos problemas locales que realimente de nuevo el proceso.
   
   En todas las etapas es esencial la participación como algo transversal al proceso, tratando de involucrar al mayor número de personas posible y cuidando de no excluir a ningún colectivo, especialmente los minoritarios y marginales.