Ao final de dezembro de 2005, a empresa entrou com um pedido na Secretaria de Direito Econômico para averiguar se a Gol e TAM abaixaram seus preços propositadamente para prejudicar suas operações com práticas anti-concorrenciais. O sonho da companhia era encerrar 2005 com novas rotas, uma nova aeronave em operação e o transporte de 500 mil passageiros. Os planos da Webjet foram prejudicados pela acirrada disputa travada no setor aéreo. TAM, Gol e Varig (as três maiores empresas do setor) foram responsáveis em 2005 por 97,5% de todo o transporte aéreo doméstico de passageiros. A empresa encerrou as operações regulares e fechou algumas de suas bases como Brasília e Florianópolis.

Em 17 de janeiro de 2006, foi anunciada a venda da companhia a uma associação de empresas de ônibus e ligadas ao setor de turismo, o Grupo Águia e Grupo Jacob Filho. O Grupo Águia, presidido por Wagner Abrahão, tem várias empresas ligadas ao setor de viagens, como a Stella Barros (nome fantasia da Assetur), Top Service (logística de viagens), Synergy (viagens corporativas), Pallas (turismo esportivo), Planeta Brasil (turismo receptivo) e Gap One, que consolida passagens aéreas para as agências de viagens. Já o Grupo Jacob Filho possui mais de 20 empresas de ônibus espalhadas pelo país. Entre as empresas do grupo estão a Util (União Transporte Interestadual de Luxo), Expresso Guanabara e Viação Normandy. O nome dos investidores estrangeiros não foi revelado. Com a mudança da composição acionária, a Webjet passou a ser presidida interinamente por Geraldo Souza Pinto, que já foi diretor de Operações da Varig. Ele é irmão de Fernando Pinto, presidente da estatal aérea portuguesa TAP.

Em 9 de fevereiro de 2006 os vôos foram retomados com uma viagem do Rio de Janeiro ao Rio Grande do Sul, com a presença de jornalistas e agentes de viagens. Nesta retomada, a empresa operava somente vôos fretados (charter). A Webjet realizou neste período vôos para Fortaleza, Natal, Porto Seguro, Porto Alegre e Florianópolis.

Em 2 de maio de 2006 a empresa recomeçou a operar regularmente entre Rio de Janeiro e Porto Alegre, semanas depois esticou seus vôos também até Curitiba e Salvador. Após rever sua estratégia de apostar em vendas somente pela internet, as passagens passaram a ser comercializadas também por operadores de turismo, agentes de viagens e acordos corporativos. De maio até o final de 2006 registou cerca de 123 mil passageiros e load factor (média de ocupação das aeronaves) de 72%.

Em 1 de novembro de 2006 a Webjet começou a operar sua segunda aeronave com a reinauguração de vôos para Belo Horizonte, atendendo o Aeroporto da Pampulha pela manhã e o Aeroporto Tancredo Neves - Confins durante à tarde.

Com a Holding CVC no comando da Webjet, aos sábados e domingos, a empresa aérea passou a voar para as seguintes cidades: Natal, Brasília, Fortaleza, Ilhéus e Porto Seguro. Eram cidades atendidas por vôos fretados da operadora CVC, posteriormente passaram a ter cota de vôo regular, hoje pode-se comprar bilhetes para esses vôos. Nesse período a empresa também começou a operar quatro vezes por semana para Brasília, ligando a capital federal ao Rio de Janeiro, Curitiba e Porto Alegre.

A empresa começou a operar em 21 de dezembro de 2007 o terceiro  Boeing 737-300, este utilizado para vôos diários no nordeste do Brasil, atendendo novas cidades como Recife e Maceió. A quarta aeronave, do mesmo modelo, entrou em operação em 10 de fevereiro de 2008, auxiliando a compor a freqüência de vôos nas rotas já operadas pela empresa. Em maio de 2008 recebeu seu sexto, desta forma, ampliando o número de cidades atendidas com a inserção de Campo Grande e Cuiabá entre os seus destinos. Em julho de 2008 a Webjet conquista 3,17% de Market Share e vendas acima de R$ 30 milhões ao mês. Em outubro de 2008, atinge 900 funcionários na empresa e vendas acima de R$ 39 milhões ao mês. Em novembro entra em operação a nona aeronave e a Webjet conquista 3,67% de Market Share. Em dezembro de 2008 mais duas aeronaves entram em operação. A Webjet terminou 2008 com um total de 11 aeronaves Boeing 737-300, atendendo 13 cidades.

A Webjet Linhas Aéreas comunicou no dia 13 de fevereiro de 2009 que o executivo José Wagner Ferreira, com larga experiência no mercado de aviação, assume a presidência da companhia aérea. A empresa ocupa o quarto lugar no mercado doméstico, atrás de TAM, GOL e Azul, respectivamente. Wagner atuou, durante 25 anos, na Vasp, onde chegou à vice-presidência, e, nos últimos nove anos, no mesmo cargo na TAM. O administrador Paulo Enrique Coco, que vinha exercendo a presidência da companhia desde março de 2006, desliga-se do cargo após relevantes serviços prestados à Webjet. Nesse período, foi responsável por comandar desde o retorno das operações regulares da companhia, em maio de 2006, até a aquisição da empresa pelo Grupo CVC, em 2007. O novo presidente da Webjet, Wagner Ferreira, disse à imprensa que a sede da empresa continua no Rio, mas que será transferida para um espaço bem maior, de mil metros quadrados, no Rio Office Park, na Av. Abelardo Bueno, Barra da Tijuca, nas proximidades do Riocentro. Cento e quarenta profissionais atuarão no novo escritório. Outro ponto que ratifica a permanência da base da empresa no Rio é a instalação, em breve, de um centro de operação e manutenção da Webjet no Aeroporto Internacional do Galeão.