第1日Resonance共鸣
1997年圣诞之夜，纽约市笼罩在节日的气氛之中。卡内基剧院中一场精彩的歌剧正在上演，艾娅和她男友也一同前来观看。在歌声中，人类最大的劫难拉开帷幕……
当人们全神贯注地欣赏舞台上歌剧的时候，惨剧发生了。台上的演员以及台下的观众突然被熊熊烈焰所包围，人们惨叫着四处奔逃，四处弥漫着焦臭的气味，
歌剧院顿时成了地狱。引起这场灾祸的竟是歌剧的女主角美莉莎，她望着眼前的一切，嘴角露出残忍的微笑。女警官艾娅也是观众之一，她是唯一没有被火焰吞噬的
人，当艾娅望着台上那邪恶女子的时候，艾娅展开了行动！
游戏开始后的第一个对手便是EVE，她会用激光向艾娅攻击。 在这场战斗中，艾娅身体中的一种神秘力量PE觉醒了， 艾娅可在其每次发射前利用左右移动来躲避攻击,当EVE受到一定程度的伤害时她便会撤退。
从舞台边进入B1F，艾娅向走廊深处前进，接着会向发生异变的生物展开战斗。 这些原本是老鼠的敌人此时不仅行动迅速，而且攻击力也十分可观，它们在远距离时会喷出火焰弹攻击，所以艾娅最好能绕到它们的侧面或背后，这样战斗就会相对轻松些。
为了得到theatrekey（けぃこぽの键），艾娅可在B1F的各屋顺序调查。
从尸体身上可得到theatrekey，并发现第一个供SAVE的电话机。
此时，便可以去美莉莎的房间（左侧倒数第一间房子），在梳妆台上可以找到美莉莎的日记，从日记中艾娅看到了关于美莉莎过去的记载，此外还可以从日记中找
到"がくやの键"。 注意，现在不必急着进行下面的情节，可先四处收集道具和弹药，并尽快提升等级。
待一切准备完毕后便可以去打开走廊尽头的门，而EVE正在那里等待着艾娅……
EVE此时会进行第二阶段的进化，其两腕可以发出巨大的激光束。 艾娅应注意保持在激光束的中间，这样就可避免伤害。EVE的HP大约为92，
几轮攻击之后她终于不敌撤退。这个时候，艾娅可选择进入下水道或退回歌剧院的门口。
在门口处，艾娅可从警官手中得到"弹药+6"。注意弹药是可以反复收取10次之多的。 再有，如艾娅与旁边的医护人员对话，则可恢复全部体力。
艾娅从练琴室地面的大洞下到下水道内。下水道中的敌人比以前的敌人要强了少许，
艾娅一面战斗一面探索。在许多道具箱中都放有十分珍贵的物品，如武器、道具等。 其中有一些隐藏在死角中，大家务必仔细调查！
在下水道中有一处设有左右两个楼梯，左面阶梯旁的道具箱中放有新的枪械M1911A1，此枪具有连射3发的效果，在以后的战斗中将会十分有用。
在下水道尽头的铁栅栏处，艾娅终于赶上了EVE，但EVE却召唤出异变的鳄鱼怪挡在艾娅面前。此BOSS虽然设定了头和尾两个攻击点，但开始时是无
法对其头部形成很大的伤害的。首先要攻击其尾部，待将其尾部攻击坏便可集中力量攻击其头部。 该BOSS口中会不断喷出光波，一定要小心闪避。
下水道探索算是告一段落，艾娅出门时遇到黑人警官丹尼尔，并见他将讨厌的记者打倒在地。两人一同前往警察局向上级汇报今天的事件。
第2日Fusion融合
艾娅与丹尼尔回到警署之后，立刻来到部长室向上级汇报卡内基剧院发生的惨祸。
报告之后，部长将"改造许可证"交给艾娅，利用此证可到武器管理部去改造武器。 武器管理部位于地下室的B1F，艾娅在那里见到特雷斯主任，
接着取到了新武器M16A1，然后便可以对武器进行改造。
艾娅来到走廊中，见到了丹尼尔的儿子本。然后，她便可以再次前往部长室。 离开部长室，艾娅来到走廊深处的会议室内（1F）。 这里正在举行记者招待会，部长本来想向新闻界隐瞒真相， 但艾娅却当众公布了发生的一切并且提到了关于线粒体变异的惊人理论。
在丹尼尔的提议下，艾娅决定前往美国自然历史博物馆去见克兰普博士。这位博士据说是当今对线粒体颇有研究的权威，从他那里或许可以了解到解开EVE
之迷的关键。今天正好是博物馆的休息日，艾娅和丹尼尔向看门人说明来意，并在桌上登记之后，在2F的研究室内见到了克兰普博士。当艾娅提到EVE这个名字
的时候，克兰普脸色骤变，难道他与EVE有某种关系吗？
第3日Selection淘汰
这时,艾娅、前田及丹尼尔三人在一街上(Soho),他们提议玩者补充宝物。 先到左方尽头的Gunshop可取得不少武器如M11,G19
(我觉得M11十分好用,因可连射五枪及随机发射，只是有些费子弹) 之后可到右方尽头的药房取得多种宝物。和前田谈话后,便上了丹尼尔的警车走了。
可先到博物馆,前田会介绍一些细胞给艾娅。 而博士出现,指出警察局受了细胞感染....丹尼尔十分紧张地要赶回去.
回到警察局,先到地库B1的狗房知道丹尼尔的儿子本及警犬希瓦失踪。 到局长房间之时,镜头一转:本及警犬走到了警察局二楼去。
艾娅立即到二楼,途中取得走廊上一躺著的警员身上的钥匙, 先去医务室让医生疗伤（只可一次），
再走到尽头的房间找到局长,本及...变成怪物的警犬! (在二楼中途某房间,有武器库钥匙。艾娅可在剧情后回到地库尽头的房间取得武器)
打倒那怪物后,已是第四天...
第4日Conception受胎
先上警察局二楼的医务室，会遇到前田,之后去医院。 在医院里先乘升降机到二楼,遇到女孩Maya。 这时,医院突然停电。为了恢复电力,艾娅要到当中一走廊尽头左方的房间, 在书桌抽屉取得钥匙,并在某杂物房取得闪烁着的保险丝A。
在另一房间,进入后可经上方进入一辐射室。 除了可取得保险丝B外,更可从尸体身上取得蓝色卡。 使用蓝色卡可开一门,进入后会见到Maya逃走。
在右方的房间会取得保险丝C。取齐三件,可走到一大型机械上使用, 之后把机械上的电线接好,开动电力....医院电力也就正常起来。
乘升降机回到一楼会见到2个Maya,进入接待台旁的房间, 会见到一女医生,进入另一手术室,可在护士身上取得绿色卡。 回升降机旁,使用该卡进入一房间,把房间中的水压计弄开,回升降机便可升至十三楼, 在那儿会到达一房间,当中的门是上了锁的。
这时,艾娅到左方见一箭头,读了后她会推开桌子,并开动开关令门打开。 进入后到右房间取了钥匙,便可乘升降机到平台了。
BOSS是只大蜘蛛，不很难，当心被网缠住。 这时,战舰也派出了战机攻打Eve。战机当然不敌,其中一架更飞去艾娅身处的地方! 艾娅要立即走到左下角的小型升降机,之后便可返回地面,并见到其他同伴。 这时可返回警察局的局长室...又一天了。
第5日Revolution进化
先到达ChinaTown,在尽头可走到下水道,经过一些像是谜宫般的下水道
（先向左下，再向右下走），可到达一天桥上,而艾娅更见那些水变成了特殊液体。
到左方的水库控制室,开动两次机械,会令水库的特殊液体排出,之后要关起来。
离开后会到一下水道,越到对面前进,可到达一火车站(建议SAVE一下)。 经火车轨道不断向上前进(放心吧...没火车的),
打倒蜈蚣后（要耐心周旋，发现规律）便可到一行车大桥。并在一死尸上取得出口钥匙...
(这时会要求玩者转换CD,不要关机,开盖取碟便可。因为PS这时是停了机的，放心!)
停着的火车有一辆是可以进入的，有物品在内。 回到月台,可用钥匙打开出口之门离去。这时,玩者可到仓库。
仓库本身是和剧情无关的,不过尽头可得一武器:火箭炮AT4。至于在哪里先卖个关子。
（依本人之见，火箭炮关键时不见得有很大用处，尤其是你的枪被改造得很强时） 这儿不太难玩,骗经验值罢了。途中只要取得仓库钥匙便可继续前进。
遇到螃蟹时，站在其侧面先打钳子便可。 打完螃蟹，在左上角有一个改造武器的tool可捡。
但若是被气体喷到会受伤，所以要根据喷射气体的时间规律，抽空去捡起tool。
在博物馆,会见到一白衣男子...但追至尽头是发觉没钥匙开门的。
在一楼大堂,向上前进到一森林地带(可玩玩minigame，开那游戏机回答问题，答对了可拿宝物，只能错一次，也只能拿一次。E文或日文好的话，就主要
是科学问题了；什么都不懂也不要紧，第一个答案是9，其余机器大多是2或1)。 艾娅不断前进及上梯至三楼,在某房间会见一破玻璃窗,
在那儿可跳回至二楼,走到一走廊尽头可到闭路电视室， 要将身旁的警报解除，方可使用大楼里的电梯。
绕到右侧的柜子后，试着向屏幕外走（这时你看不见艾娅），可进入一部秘密电梯， 到上层杂物间可找到一些装备，如一把改进余地很大的枪。
另外，艾娅会在电视中见Eve走到四楼。
回程时，到二楼再到右房,可见到前田。这时克兰普博士竟也出现....
原来，艾娅与Maya本是姊妹,艾娅移植了肝脏,而Maya移植了眼角膜，Eve细胞才得以趁机植入她们体内...所以艾娅本身具有PE能力。那克兰普博
士曾是她们移植手术的医生，手术时发现移入的眼角膜居然是热的！而这器官是日本运来，从事故中遇难的母女得来的。她们的丈夫和父亲-一一名日本科学家为了
使她们复活进行细胞研究，并曾在日本导致了一次小规模的Eve事件，只是因雌雄两体的相斥性，才自生自灭了。但现在克兰普博士研究出的Eve却是单性繁殖
的。而美莉莎亦移植了一部分器官，且常服用抗排斥药物，导致身体抵抗力下降，被觉醒的线粒体细胞占据身体，变成了Eve。而Eve发现若再不及时采取行
动，人类的生活对它们将来的生存更为不利，便开始消灭人类（也难怪，人类不懂珍惜自己的美好生活，那自然会有其他生物来代替人类的地位！物竞天择嘛）。
正当艾娅受袭之时,丹尼尔赶来把博士打倒。众人正想盘问博士之际,博士竟然著火! 艾娅取得他身上的钥匙后,可把博物馆所有门打开。
这时,先上三楼。在升降机大堂向上,左,左,下前进, 会在一恐龙化石房间被一恐龙推撞至一楼。而另一大恐龙也出现(Boss)。
打倒后可回一楼大堂,经升降机到三楼,再以上,左,左,下回刚才的房间， 并继续前进，会见到Eve。这时Eve像有身孕似的...
同时一巨型液体人也出现,虽然战舰立即派出战机迎战,不过对于液体人....真是小巫见大巫了!
艾娅和丹尼尔回N.Y.P.D.17分署，在会议室中见到部长，
从他那里得知EVE会前往中央公园的野外音乐堂进行表演。于是，艾娅立刻向中央公园出发。 当来到中央公园的时候，发现这里已控制在EVE的结界之内。
因为丹尼尔无法进入，所以艾娅只好独自一人进入中央公园寻找EVE。
艾娅进入中央公园之后，首先前往事务所，在那里可以得到zookey（CPの键）。
注意，调查时的位置十分重要，稍有不准便无法取得，是在一抽屉里。
艾娅用刚才得到的zookey开启了水池上方的门，跟着从玻璃墙的破裂处进入了种满亚热带植物的区域，在这里可以得到许多有用的道具。
艾娅走到水池右面的通路，然后便可以进入公园的内部，一直北行，
艾娅终于到达野外音乐堂。而EVE的表演此时已开始了，台下的观众被EVE的力量所溶化。
艾娅离开观众席，在外面跟着以前曾经看到过的小女孩的影像行进，从右边的通道登上舞台。艾娅愤慨地质问EVE，而EVE却再次迅速离去。
艾娅见EVE逃走，立刻随后追赶。那小女孩的影像会一直引导艾娅， 因为这里的道路十分复杂，如果艾娅没有看清小女孩的行动方向，就很可能迷失方向。 大体是往西走，而艾娅在中途也可记录。
艾娅过桥后会来到石像广场，先SAVE吧。再前进则是一片广阔的空地。 在这里，艾娅碰到了四条了巨大的蚯蚓怪。它们的行动十分诡异， 艾娅须在它们一冲出地面时贴身攻击，并注意闪避，几经周折终于将其消灭。
艾娅继续追踪，终于找到了EVE。她此刻正在一辆马车之上，艾娅登上马车与她展开了战斗。EVE的攻击主要以上空能量弹和接近的爪攻击为主，一定要小心。
艾娅终于将EVE击败，但是EVE却令马车失控。马匹在烈火中倒下， 车子载着艾娅滑到了另一边。强烈的冲击使艾娅昏了过去，EVE再度逼来……
第二天的事件告一段落，艾娅虽然尽力将EVE击退，可自己也是身受重伤。究竟事态会向什么方向发展，EVE的邪恶计划又是否能实现，而受伤的艾娅又怎样面对这一切呢？
当所有人都无计可施之际,艾娅不得不亲自驾驶战机作战。 在众战机都敌不过"自然发火现像"之时, 艾娅终成功发射导弹打倒敌人,连自由神像也因战事而倒下来...
不过这并不表示事件完结,艾娅跳到神像上会见到Eve。Eve会分别用两型态作战。 艾娅只要远离攻击及不断绕圈子,相信可成功打倒它的。
第6日Liberation解放
在战舰上,艾娅可在房间中取放宝物及最后一次记录！！ 出外时,战舰竟振动起来。自由神像中,有一怪婴钻了出来,并借力量把众战舰破坏。 艾娅要自己一人作战,命他们离开。之后,那怪婴也爬到了战舰上....
首轮作战,艾娅要远距离攻击怪婴，事实上它也只作近距离攻击。 之后,它会变身成长起来,Aya要绕圈子不断攻击。 然后,它会化为成体,攻击力也大增! 原则上,它可作远、近距离攻击,所以玩者必须留意能量是否足够,宝物尽量使用吧!
打倒后,它会变成绿色怪物,不过攻击力不太高,只会放些小型激光, 艾娅只要不站在同一位置太久,不断走动攻击便可。不过攻击似乎只伤害它很少体力...
在直升机上,丹尼尔等人十分紧张,前田说起自己带来了对付它的疫苗,不过... 丹尼尔也不等他继续说话,便已抢去那疫苗子弹,并跳出机外向战舰旁跌下去!(有点冲动啊!) 在冒死的行动中,他成功丢下子弹给艾娅,而她也立即换上子弹(枪也换成了前田手枪)。
这时,艾娅要近距离向它开枪,。 虽然子弹只有三十粒,不过十枪（我用了八枪）内应可成功打倒它。 终把它打倒了!但艾娅也发觉有点奇怪,它竟会继续爬起来! 这时,艾娅要立即离开平台!（给它追上可全白打了！！看你的操纵技术了！） 屏住气，最后关头了！
看清以下步骤，逃得要够快！！ 先经门口离开,在记录房中的上方门离去（不能SAVE的！）。 之后在走廊中向左走,下楼梯到左门,
向上跑,到一电机房把马达开至最大马力,往下方上楼梯,一直走...
艾娅会再回到战舰平台,并立即跳下海...战舰也因马达马力太大,发生爆炸.... Eve也正式消灭了!
众人松一口气,一切都结束了。前田却说艾娅原来不只肝脏受移植,眼角膜也有移植过, 艾娅也不知道自己的细胞会否如Eve般产生变异,不过大家叫她不用担心。
最后大家继续欣赏昔日的舞台剧,担心当中会出事,结果如常上演,使大家都松一口气。 不过....Aya眼角膜内的细胞竟有异常的改变,其他人也不知不觉受到感染... 一出新的悲剧又要上演?... (全剧终)
在Ending过后,电脑要求玩者记录Exmode, 这模式本和普通模式一样,只是保留部份枪械（即你曾命名过的武器及防具）。 不过故事中会有一新77层大厦ChryslerBuilding...
